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Yorodumi- PDB-5c1m: Crystal structure of active mu-opioid receptor bound to the agoni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c1m | |||||||||
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Title | Crystal structure of active mu-opioid receptor bound to the agonist BU72 | |||||||||
Components |
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Keywords | Signaling Protein/antagonist / Ligands / Mice / Agonists / Morphinans / Activation / Receptors / Opioid / mu / Nanobody / Signaling Protein-antagonist complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Opioid Signalling / spine apparatus / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / Peptide ligand-binding receptors / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / positive regulation of appetite / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity ...Opioid Signalling / spine apparatus / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / Peptide ligand-binding receptors / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / positive regulation of appetite / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / filamin binding / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / regulation of cellular response to stress / G alpha (i) signalling events / behavioral response to ethanol / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of neurogenesis / eating behavior / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / transmission of nerve impulse / G-protein alpha-subunit binding / neuropeptide signaling pathway / GABA-ergic synapse / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of cAMP-mediated signaling / sensory perception of pain / dendrite membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / dendrite cytoplasm / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G-protein beta-subunit binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / perikaryon / postsynaptic membrane / response to ethanol / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / dendrite / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Lama glama (llama) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.07 Å | |||||||||
Authors | Huang, W.J. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R. ...Huang, W.J. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R. / Granier, S. / Gmeiner, P. / Husbands, S.M. / Traynor, J.R. / Weis, W.I. / Steyaert, J. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: Structural insights into mu-opioid receptor activation. Authors: Huang, W. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R.C. / Granier, S. / Gmeiner, P. / ...Authors: Huang, W. / Manglik, A. / Venkatakrishnan, A.J. / Laeremans, T. / Feinberg, E.N. / Sanborn, A.L. / Kato, H.E. / Livingston, K.E. / Thorsen, T.S. / Kling, R.C. / Granier, S. / Gmeiner, P. / Husbands, S.M. / Traynor, J.R. / Weis, W.I. / Steyaert, J. / Dror, R.O. / Kobilka, B.K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c1m.cif.gz | 217 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c1m.ent.gz | 150.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c1m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Antibody , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 33728.289 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Oprm1, Mor, Oprm / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: P42866 |
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#2: Antibody | Mass: 13668.987 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Non-polymers , 6 types, 101 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CLR / | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-VF1 / ( | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.54 Å3/Da / Density % sol: 65.3 % / Description: Cubic |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7.5 Details: Reconstituted in 10:1 monoolein:cholesterol mix. Precipitant solution:15-25% PEG300, 100 mM HEPES pH 7.0-7.5, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.5-1.0% Polypropylene glycol P 400, 100-300 mM (NH4)2HPO4 PH range: 7.0-7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.07→43.47 Å / Num. obs: 41704 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 43.71 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 11 |
Reflection shell | Resolution: 2.07→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2793 / CC1/2: 0.647 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4DKL, 3P0G Resolution: 2.07→43.47 Å / SU ML: 0.2529 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.0482 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.07→43.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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