PDB-5c1j: Crystal Structure of native (reduced) CorB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c1j

タイトル

Crystal Structure of native (reduced) CorB

要素

CorB

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Interconnecting Ketosynthase / thiolase superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Corallococcus coralloides (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zocher, G. / Vilstrup, J. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Structural basis of head to head polyketide fusion by CorB.
著者: Zocher, G. / Vilstrup, J. / Heine, D. / Hallab, A. / Goralski, E. / Hertweck, C. / Stahl, M. / Schaberle, T.F. / Stehle, T.

履歴

登録	2015年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c1j.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c1j.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/5c1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yucC 4yufC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ufa-2 4yuc-1 2x8z-d 3zqz-d 4aa2-d 4aa1-d 2xhm-d 2x97-d 4ufb-1 6tt3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CorB

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CorB

ヘテロ分子

A: CorB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.887, 105.161, 104.649
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-787- HOH
2	1	A-798- HOH
3	1	A-800- HOH

#1: タンパク質	CorB 分子量: 36644.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corallococcus coralloides (バクテリア) 遺伝子: corB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7RK32
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 8% (w/v) PEG8000 and 34% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: その他 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48 Å / Num. obs: 34975 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0027	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→47.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 4.952 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23113	1399	4 %	RANDOM
R_work	0.19708	-	-	-
obs	0.19847	33575	90.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→47.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2524	0	8	309	2841

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.232	1.98	3638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.739	3	5927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.208	5	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.394	22.241	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.866	15	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.937	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.697→1.741 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	100	-
R_work	0.231	2406	-
obs	-	-	88.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7779	-0.5556	-0.3615	11.1949	4.9927	3.7493	0.0263	0.0314	-0.18	-0.1626	-0.2697	0.4011	0.0267	-0.2185	0.2433	0.0092	-0.0023	-0.0039	0.0129	-0.0148	0.0309	22.1559	41.0679	39.3699
2	7.4515	-0.3732	1.1432	6.6973	-1.1567	3.502	-0.1299	0.095	0.7798	-0.1342	0.0332	0.481	-0.7418	-0.3558	0.0967	0.1939	0.1007	-0.0239	0.0865	-0.0065	0.1997	5.8996	68.4376	41.9344
3	2.2618	-1.6819	0.1998	1.6602	-0.2779	0.9896	-0.0086	-0.258	0.1955	0.0736	0.0781	-0.0068	-0.1318	0.0572	-0.0694	0.0292	-0.0199	0.0282	0.0644	-0.0616	0.0657	23.2307	56.1516	45.4404
4	2.0535	0.6459	-0.5173	2.9965	-0.8937	1.7886	-0.039	-0.1159	0.0715	0.1016	0.0643	0.0161	-0.1083	0.0679	-0.0253	0.0108	0.0033	-0.0021	0.0202	-0.0125	0.011	35.1166	49.1525	38.4277
5	1.2598	0.0895	-0.1324	0.1182	0.1934	1.4606	-0.0394	0.0845	0.0565	-0.0248	0.0387	0.007	-0.0881	-0.0555	0.0007	0.0153	-0.0017	0.0022	0.025	0.0058	0.0164	25.1335	48.4787	31.6202
6	15.9504	5.4237	4.9606	16.5036	2.7279	1.6193	-0.1423	-0.2881	1.0017	-0.0856	-0.1464	0.5963	-0.0639	-0.0912	0.2887	0.355	0.0686	0.086	0.0639	-0.0253	0.2408	23.9117	69.473	19.782
7	2.8743	-1.7558	0.732	7.9992	-3.2775	3.4545	0.0505	0.2652	0.0964	-0.1273	0.1163	0.265	0.1159	-0.4075	-0.1668	0.0165	-0.0315	-0.0038	0.1536	0.0048	0.0634	8.9676	44.5873	18.8935
8	1.5204	-0.3255	0.491	1.3154	0.0974	1.8817	-0.0203	-0.0206	-0.0644	-0.0229	-0.0327	0.1957	0.0685	-0.3019	0.053	0.0215	0.0017	0.0074	0.0645	-0.0057	0.035	9.3445	46.1801	36.4455
9	0.8567	0.0546	-0.7626	1.2949	-0.9482	2.127	-0.0643	-0.042	-0.0916	-0.012	0.069	0.1627	0.1504	-0.1191	-0.0047	0.0312	-0.0144	0.0064	0.0226	0.0079	0.0441	14.3091	39.6699	34.5231

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	73 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	105 - 210
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	211 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	228 - 250
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	251 - 307
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	308 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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