PDB-5bse: Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Car...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bse

タイトル

Crystal structure of Medicago truncatula (delta)1-Pyrroline-5-Carboxylate Reductase (MtP5CR)

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase

ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / proline biosynthesis /

decamer (オリゴマー) / P5C /

plant protein (植物)

機能・相同性

機能・相同性情報

ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ /

pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2015
タイトル: The structure of Medicago truncatula delta (1)-pyrroline-5-carboxylate reductase provides new insights into regulation of proline biosynthesis in plants.
著者: Ruszkowski, M. / Nocek, B. / Forlani, G. / Dauter, Z.

履歴

登録	2015年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bse.cif.gz	1019.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bse.ent.gz	854.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/5bse	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5bsfC 5bsgC 5bshC 2izzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bsh-d 5bsf-d 5bsg-d 5uat-1 7bym-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase

F: Pyrroline-5-carboxylate reductase

G: Pyrroline-5-carboxylate reductase

H: Pyrroline-5-carboxylate reductase

I: Pyrroline-5-carboxylate reductase

J: Pyrroline-5-carboxylate reductase

ヘテロ分子

289 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.800, 100.600, 101.200
Angle α, β, γ (deg.)	67.900, 85.300, 89.300
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	1	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
1	2	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	2	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
1	3	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	5 - 273	8 - 276
2	3	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
1	4	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	4	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	5	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	5	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	6	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	7 - 273	10 - 276
2	6	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
1	7	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	7	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	8	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	8	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	9	ILE	ILE	SER	SER	A	A	3 - 274	6 - 277
2	9	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277
1	10	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	10	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
1	11	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	5 - 273	8 - 276
2	11	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
1	12	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	12	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	13	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	13	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	14	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	7 - 273	10 - 276
2	14	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
1	15	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	15	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	16	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	16	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	17	ILE	ILE	SER	SER	B	B	3 - 274	6 - 277
2	17	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277
1	18	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	5 - 273	8 - 276
2	18	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
1	19	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
2	19	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
1	20	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
2	20	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	21	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	7 - 273	10 - 276
2	21	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
1	22	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
2	22	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	23	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
2	23	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	24	ILE	ILE	SER	SER	C	C	3 - 274	6 - 277
2	24	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277
1	25	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
2	25	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	5 - 273	8 - 276
1	26	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
2	26	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	5 - 273	8 - 276
1	27	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	7 - 273	10 - 276
2	27	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
1	28	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
2	28	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	5 - 273	8 - 276
1	29	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
2	29	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	5 - 273	8 - 276
1	30	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	5 - 273	8 - 276
2	30	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	5 - 273	8 - 276
1	31	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	31	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
1	32	PRO	PRO	LEU	LEU	E	E	7 - 273	10 - 276
2	32	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
1	33	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	33	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	34	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	34	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	35	ILE	ILE	SER	SER	E	E	3 - 274	6 - 277
2	35	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277
1	36	PRO	PRO	LEU	LEU	F	F	7 - 273	10 - 276
2	36	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
1	37	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
2	37	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
1	38	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
2	38	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	39	ILE	ILE	SER	SER	F	F	3 - 274	6 - 277
2	39	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277
1	40	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
2	40	PRO	PRO	LEU	LEU	H	H	7 - 273	10 - 276
1	41	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
2	41	PRO	PRO	LEU	LEU	I	I	7 - 273	10 - 276
1	42	PRO	PRO	LEU	LEU	G	G	7 - 273	10 - 276
2	42	PRO	PRO	LEU	LEU	J	J	7 - 273	10 - 276
1	43	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
2	43	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
1	44	ILE	ILE	SER	SER	H	H	3 - 274	6 - 277
2	44	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277
1	45	ILE	ILE	SER	SER	I	I	3 - 274	6 - 277
2	45	ILE	ILE	SER	SER	J	J	3 - 274	6 - 277

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase / ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ分子量: 28788.066 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ) 遺伝子: MTR_7g090160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) 参照: UniProt: G7KRM5, ピロリン-5-カルボン酸レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS / MOPS (緩衝剤) 分子量: 209.263 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions) A7 solution (100 mM HEPES/MOPS buffer pH 7.5, 10% polyethylene glycol 4000, 20% glycerol, 30 mM MgCl2 and 30 mM CaCl2).

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 338502 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 44.7 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_rim(I) all: 0.05 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 15.17 / Num. measured all: 1383055

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		3.4	0.684	0.67	1.9	84956	25815	24670	0.799	95.6
1.74-1.79			0.786	0.554	2.5	89741	25049	24020	0.648	95.9
1.79-1.84			0.871	0.417	3.26	88078	24502	23557	0.488	96.1
1.84-1.9			0.917	0.321	4.18	85086	23683	22801	0.375	96.3
1.9-1.96			0.952	0.224	5.84	82566	22914	22133	0.262	96.6
1.96-2.03			0.971	0.173	7.26	80347	22261	21539	0.202	96.8
2.03-2.11			0.984	0.126	9.53	77329	21433	20792	0.147	97
2.11-2.19			0.99	0.096	12.02	74743	20697	20110	0.112	97.2
2.19-2.29			0.993	0.077	14.34	71619	19826	19316	0.09	97.4
2.29-2.4			0.995	0.066	16.28	68189	18888	18426	0.077	97.6
2.4-2.53			0.996	0.056	18.45	64804	17969	17572	0.066	97.8
2.53-2.69			0.997	0.047	21.22	61163	17011	16670	0.055	98
2.69-2.87			0.997	0.046	23.92	61368	16025	15716	0.053	98.1
2.87-3.1			0.998	0.053	27.72	77135	14883	14646	0.059	98.4
3.1-3.4			0.998	0.047	31.64	76961	13661	13473	0.051	98.6
3.4-3.8			0.998	0.039	35.67	68845	12386	12227	0.043	98.7
3.8-4.39			0.998	0.036	38.47	59814	10957	10824	0.04	98.8
4.39-5.38			0.998	0.034	40.21	50758	9214	9134	0.037	99.1
5.38-7.6			0.998	0.037	40.65	39511	7107	7043	0.041	99.1
	7.6		0.993	0.054	42.18	20042	3918	3833	0.061	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IZZ

2izz

解像度: 1.7→38.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	2708	0.8 %	RANDOM
R_work	0.16	335793	-	-
obs	0.16	335794	97.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.78 Å² / B_iso mean: 52.8 Å² / B_iso min: 26.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.41 Å²	-0.29 Å²	-0.43 Å²
2-	-	-0.08 Å²	-0.44 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→38.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19793	0	75	1471	21339
B_iso mean	-	-	55.39	50.38	-
残基数	-	-	-	-	2714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	20693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	20633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.9	1.985	28102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.696	3	47594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.86	5	2821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.583	24.356	691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.677	15	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.294	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	23611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	4203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.963	2.472	11134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.964	2.471	11133
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.096	3.682	13990

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15903	0.08
1	2	B	15903	0.08
2	1	A	16240	0.04
2	2	C	16240	0.04
3	1	A	15813	0.05
3	2	D	15813	0.05
4	1	A	15708	0.1
4	2	E	15708	0.1
5	1	A	16014	0.07
5	2	F	16014	0.07
6	1	A	15369	0.08
6	2	G	15369	0.08
7	1	A	15896	0.08
7	2	H	15896	0.08
8	1	A	16002	0.07
8	2	I	16002	0.07
9	1	A	16043	0.06
9	2	J	16043	0.06
10	1	B	15939	0.08
10	2	C	15939	0.08
11	1	B	15758	0.06
11	2	D	15758	0.06
12	1	B	15949	0.07
12	2	E	15949	0.07
13	1	B	16090	0.06
13	2	F	16090	0.06
14	1	B	15431	0.09
14	2	G	15431	0.09
15	1	B	16096	0.06
15	2	H	16096	0.06
16	1	B	16098	0.07
16	2	I	16098	0.07
17	1	B	16173	0.06
17	2	J	16173	0.06
18	1	C	15879	0.06
18	2	D	15879	0.06
19	1	C	15817	0.09
19	2	E	15817	0.09
20	1	C	16116	0.06
20	2	F	16116	0.06
21	1	C	15478	0.08
21	2	G	15478	0.08
22	1	C	15991	0.07
22	2	H	15991	0.07
23	1	C	16075	0.07
23	2	I	16075	0.07
24	1	C	16130	0.06
24	2	J	16130	0.06
25	1	D	15608	0.08
25	2	E	15608	0.08
26	1	D	15895	0.05
26	2	F	15895	0.05
27	1	D	15500	0.08
27	2	G	15500	0.08
28	1	D	15770	0.07
28	2	H	15770	0.07
29	1	D	15847	0.06
29	2	I	15847	0.06
30	1	D	15919	0.05
30	2	J	15919	0.05
31	1	E	15934	0.09
31	2	F	15934	0.09
32	1	E	15202	0.11
32	2	G	15202	0.11
33	1	E	16033	0.07
33	2	H	16033	0.07
34	1	E	15933	0.08
34	2	I	15933	0.08
35	1	E	15954	0.09
35	2	J	15954	0.09
36	1	F	15529	0.08
36	2	G	15529	0.08
37	1	F	16116	0.06
37	2	H	16116	0.06
38	1	F	16192	0.06
38	2	I	16192	0.06
39	1	F	16207	0.05
39	2	J	16207	0.05
40	1	G	15346	0.09
40	2	H	15346	0.09
41	1	G	15429	0.09
41	2	I	15429	0.09
42	1	G	15483	0.08
42	2	J	15483	0.08
43	1	H	16111	0.07
43	2	I	16111	0.07
44	1	H	16151	0.06
44	2	J	16151	0.06
45	1	I	16194	0.06
45	2	J	16194	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	197	-
R_work	0.278	24437	-
obs	-	-	95.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6897	-0.0927	-0.1	0.1894	0.4437	1.242	0.0269	-0.0188	0.0211	0.033	0.1033	-0.0493	-0.0291	0.0638	-0.1302	0.2983	0.0369	-0.038	0.248	-0.0036	0.1979	68.5195	69.7139	90.4725
2	0.2829	-0.0306	0.1395	0.2944	-0.0249	0.0938	0.0251	-0.0327	-0.0267	0.0015	0.0451	-0.0157	0.0123	-0.0118	-0.0703	0.2824	-0.0075	-0.0184	0.2679	0.0264	0.2087	48.881	61.1703	67.6843
3	1.065	-0.037	-0.0677	0.6683	-0.5675	0.7769	-0.0342	-0.0749	-0.0866	-0.0217	0.2419	0.0927	0.0734	-0.0651	-0.2078	0.2286	-0.0337	-0.0492	0.3327	0.1293	0.2226	25.3653	43.8016	80.5996
4	0.4626	-0.0818	0.1959	0.2901	0.0412	0.1102	0.0046	-0.0278	-0.0466	0.0021	0.0501	0.0064	-0.0046	-0.009	-0.0546	0.2846	-0.0073	-0.0149	0.2716	0.0279	0.1991	46.7143	63.4705	68.2816
5	0.8726	-0.3812	0.174	1.8064	0.2524	0.2482	0.0593	0.0617	0.0192	0.003	-0.1747	-0.1298	-0.2159	-0.0197	0.1154	0.4395	-0	-0.1174	0.131	0.04	0.1972	58.5042	111.6767	67.4723
6	0.5109	0.0476	0.0693	0.1194	-0.1955	0.3892	-0.0258	0.0072	0.0272	0.0408	0.0304	-0.0305	-0.0463	-0.0753	-0.0047	0.2814	0.0168	0.005	0.2635	0.0208	0.2183	42.273	85.9819	59.9684
7	0.3996	0.1382	0.4176	0.3428	1.2436	4.5626	0.4051	-0.2205	0.2362	0.122	-0.3949	-0.0018	0.3548	-1.5252	-0.0102	0.3888	-0.0987	0.2058	0.821	-0.0502	0.1821	12.4552	90.6247	70.01
8	0.3584	0.0694	0.1815	0.2799	-0.2374	0.383	-0.0309	-0.0054	0.0145	0.0435	0.0411	-0.027	-0.0467	-0.078	-0.0103	0.2816	0.0208	0.0054	0.2666	0.0175	0.2144	40.899	87.2136	57.3472
9	0.7818	0.4112	0.1704	0.7623	-0.4941	0.7775	0.0118	-0.0071	-0.0482	-0.0748	-0.111	-0.131	-0.0214	-0.0157	0.0992	0.2184	0.0553	0.0417	0.2489	0.071	0.2738	68.0791	105.1531	19.6464
10	0.4987	0.0785	0.1044	0.1718	0.1025	0.2142	0.0038	0.0622	-0.0039	0.0302	-0.0254	-0.0086	-0.0171	0.0177	0.0215	0.2429	0.0285	0.014	0.2932	0.0335	0.2171	45.5896	87.5888	33.4191
11	1.0087	-0.5631	0.2575	1.9497	0.0226	0.0907	0.043	0.1119	0.0263	0.0879	-0.1098	0.3003	0.019	0.0663	0.0668	0.177	0.0311	0.0133	0.3118	0.0296	0.2524	17.433	96.9586	21.5729
12	0.3313	0.1755	-0.0731	0.2057	-0.0252	0.2111	0.0063	0.0466	0.0103	0.0077	-0.0338	0.0093	-0.0055	-0.0007	0.0275	0.2361	0.0285	0.0198	0.3006	0.0264	0.2196	45.2017	85.5702	30.943
13	0.0135	0.1626	0.0924	6.1728	3.7141	2.2588	-0.0372	0.073	-0.0832	-0.1756	1.3458	-2.1254	-0.1269	0.7447	-1.3086	0.1331	-0.0166	0.1478	0.6176	-0.5546	0.9449	82.0272	57.9884	12.8204
14	0.2825	-0.0029	0.2117	0.3659	0.0126	0.1689	0.0309	0.0169	0.022	-0.0494	-0.0079	-0.0655	0.0369	-0.0098	-0.023	0.2493	0.0416	0.0244	0.3095	-0.0083	0.2049	54.019	63.7687	24.6176
15	1.3084	0.3595	-0.026	0.2705	0.348	0.9701	0.0354	-0.0303	0.2306	-0.0907	-0.1357	0.0953	-0.0227	-0.1208	0.1004	0.3016	0.1172	-0.0423	0.2842	-0.0446	0.2024	32.5247	54.5432	2.5337
16	0.2841	-0.008	0.0981	0.3062	0.034	0.0711	0.0509	0.0398	0.0308	-0.0322	-0.0008	-0.0221	0.0712	0.0157	-0.05	0.2506	0.0498	0.0182	0.3174	-0.0124	0.196	53.4572	60.7204	25.4967
17	1.8714	0.0015	0.5827	0.4217	-0.4738	0.7511	0.3141	-0.0354	-0.3306	0.0313	-0.2245	-0.0118	0.0163	0.1681	-0.0896	0.2081	0.016	-0.103	0.2404	0.0384	0.3424	82.7937	36.753	57.871
18	0.5221	0.1939	0.1568	0.082	0.0127	0.4336	0.096	0.0496	-0.076	0.018	-0.0161	-0.0167	0.0334	0.0439	-0.0799	0.2729	0.03	-0.0486	0.2453	-0.0289	0.2443	56.0462	47.5019	45.8528
19	1.0679	0.1528	0.0221	2.5296	0.34	0.0536	-0.235	0.0183	0.036	-0.2294	0.2847	0.1618	0.0235	0.0374	-0.0498	0.4381	-0.0569	-0.3337	0.0401	0.0447	0.297	37.4921	22.6351	38.7599
20	0.4432	-0.0479	0.1027	0.0492	-0.1072	0.2931	0.099	0.0315	-0.0847	0.0135	-0.024	-0.0073	0.0325	0.0031	-0.075	0.2758	0.0229	-0.0588	0.2421	-0.0171	0.2508	54.4016	47.145	48.6345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	170 - 274
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	3 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	170 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	5 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	170 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	3 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	170 - 274
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	3 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	170 - 274
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	7 - 169
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	170 - 274
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	3 - 169
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	170 - 274
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	3 - 169
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	170 - 274
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	3 - 169
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	170 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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