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- PDB-5b6w: A three dimensional movie of structural changes in bacteriorhodop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b6w
タイトルA three dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin: structure obtained 16 ns after photoexcitation
要素Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / bacteriorhodopsin (バクテリオロドプシン) / XFEL (自由電子レーザー) / time-resolved serial femtosecond crystallography / SACLA (SACLA)
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
テトラデカン / デカン / ノナン / HEPTANE / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / ペンタデカン / オクタン / レチナール / トリデカン / ウンデカン / バクテリオロドプシン
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Royant, A. / Nango, E. / Nakane, T. / Tanaka, T. / Arima, T. / Neutze, R. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: A three-dimensional movie of structural changes in bacteriorhodopsin
著者: Nango, E. / Royant, A. / Kubo, M. / Nakane, T. / Wickstrand, C. / Kimura, T. / Tanaka, T. / Tono, K. / Song, C. / Tanaka, R. / Arima, T. / Yamashita, A. / Kobayashi, J. / Hosaka, T. / ...著者: Nango, E. / Royant, A. / Kubo, M. / Nakane, T. / Wickstrand, C. / Kimura, T. / Tanaka, T. / Tono, K. / Song, C. / Tanaka, R. / Arima, T. / Yamashita, A. / Kobayashi, J. / Hosaka, T. / Mizohata, E. / Nogly, P. / Sugahara, M. / Nam, D. / Nomura, T. / Shimamura, T. / Im, D. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Jeon, B. / Nishizawa, T. / Oda, K. / Fukuda, M. / Andersson, R. / Bath, P. / Dods, R. / Davidsson, J. / Matsuoka, S. / Kawatake, S. / Murata, M. / Nureki, O. / Owada, S. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Joti, Y. / Schertler, G. / Yabashi, M. / Bondar, A.N. / Standfuss, J. / Neutze, R. / Iwata, S.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,89217
ポリマ－26,8141
非ポリマー4,07816
水30617
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,67651
ポリマ－80,4433
非ポリマー12,23348
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area25220 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area28500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.500, 62.500, 112.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / バクテリオロドプシン / BR / Bacterioopsin / BO


分子量: 26814.412 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-261 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性)
株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 参照: UniProt: P02945

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非ポリマー , 11種, 33分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#4: 化合物 ChemComp-TRD / TRIDECANE / LIPID FRAGMENT / トリデカン / トリデカン


分子量: 184.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H28
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 化合物 ChemComp-HP6 / HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル / Heptane


分子量: 100.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16
#7: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#8: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#9: 化合物 ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24
#10: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#11: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細Ligands TRD, D10, HP6, OCT, MYS, UND, DD9, and C14 are modeled as a lipid fragment.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 0.1M Na/K phosphate pH5.4, 30% PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.63 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.63 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.92 Å / Num. obs: 14513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 177 % / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
CrystFEL0.6.2データ削減
CrystFEL0.6.2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B6V

5b6v


解像度: 2.1→21.912 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 719 4.97 %
Rwork0.1559 --
obs0.157 14473 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→21.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1787 0 242 17 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.862813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3161222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.26210.26081440.22762730X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.48950.16721310.15812749X-RAY DIFFRACTION100
2.4895-2.84910.17311420.1422771X-RAY DIFFRACTION100
2.8491-3.5870.15981430.15032729X-RAY DIFFRACTION100
3.587-21.91280.17451590.15452775X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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