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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b5q | ||||||
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Title | 1.7 Angstroms structure of ChlaDub1 from Chlamydia Trachomatis | ||||||
![]() | (Membrane thiol protease) x 2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() deNEDDylase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / protein deneddylation / protein deubiquitination / : / cysteine-type peptidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramirez, Y.A. / Kisker, C. / Sauer, F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Chlamydia trachomatis-containing vacuole serves as deubiquitination platform to stabilize Mcl-1 and to interfere with host defense Authors: Fischer, A. / Harrison, K.S. / Ramirez, Y. / Auer, D. / Chowdhury, S.R. / Prusty, B.K. / Sauer, F. / Dimond, Z. / Kisker, C. / Scott Hefty, P. / Rudel, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 299.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 247.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27802.246 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 159-401 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Chlamydia trachomatis deubiquitinase 1 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0E9AT26, UniProt: B0B9A0*PLUS, ![]() |
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#2: Protein | Mass: 28500.039 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 155-401 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: K0GC10, UniProt: B0B9A0*PLUS |
#3: Chemical | ChemComp-CL / ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.85 Å3/Da / Density % sol: 33.35 % / Description: Plates |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 100mM Bicine pH 9.0, 10% PEG20000, 2% 1,4dioxane, 5% DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.65→77.24 Å / Num. obs: 50612 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 5.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / % possible all: 98.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→38.854 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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