+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b5n | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Ba-substituted LH1-RC complex from Tch. tepidum | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Bacterial photosynthesis / Light-harvesting complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wang-Otomo, Z.-Y. / Yu, L.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Structural Basis for the Unusual Qy Red-Shift and Enhanced Thermostability of the LH1 Complex from Thermochromatium tepidum. 著者: Yu, L.J. / Kawakami, T. / Kimura, Y. / Wang-Otomo, Z.Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b5n.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5b5n.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5b5n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b5n | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Photosynthetic reaction center ... , 4種, 8分子 CoLxMyHt
#1: タンパク質 | 分子量: 36630.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-333 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: D2Z0P5 #2: タンパク質 | 分子量: 31520.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: D2Z0P3 #3: タンパク質 | 分子量: 35975.992 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-319 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: A8ASG6 #4: タンパク質 | 分子量: 28213.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: D2Z0P9 |
---|
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 64分子 ADFIKOQSUWY13579mpruwAAACAEAGAIAKdfh...
#5: タンパク質 | 分子量: 7034.442 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: D2Z0P2 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5534.452 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: D2Z0P1 |
---|
-非ポリマー , 12種, 190分子
#7: 化合物 | ChemComp-HEM / #8: 化合物 | ChemComp-BA / #9: 化合物 | ChemComp-BCL / #10: 化合物 | ChemComp-BPH / #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-PEF / #13: 化合物 | #14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-CRT / #16: 化合物 | ChemComp-PO4 / #17: 化合物 | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3000, barium chloride, decylphosphocholine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→49.9 Å / Num. obs: 133051 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 22.8 % / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.36 Å |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WMM 解像度: 3.3→49.9 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.57 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.59 Å / Origin y: -15.8433 Å / Origin z: 49.1244 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |