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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b1l | |||||||||
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タイトル | The mouse nucleosome structure containing H3t | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / chromatin (クロマチン) / spermatogenesis (精子形成) / histone-fold / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Inhibition of DNA recombination at telomere / Transcriptional regulation by small RNAs / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDACs deacetylate histones / chromatin organization => GO:0006325 ...: / : / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Inhibition of DNA recombination at telomere / Transcriptional regulation by small RNAs / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDACs deacetylate histones / chromatin organization => GO:0006325 / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Chromatin modifying enzymes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Cleavage of the damaged purine / Condensation of Prophase Chromosomes / Interleukin-7 signaling / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Metalloprotease DUBs / UCH proteinases / PRC2 methylates histones and DNA / HATs acetylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / chromatin organization / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Urahama, T. / Machida, S. / Horikoshi, N. / Osakabe, A. / Tachiwana, H. / Taguchi, H. / Kurumizaka, H. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017 タイトル: Testis-Specific Histone Variant H3t Gene Is Essential for Entry into Spermatogenesis 著者: Ueda, J. / Harada, A. / Urahama, T. / Machida, S. / Maehara, K. / Hada, M. / Makino, Y. / Nogami, J. / Horikoshi, N. / Osakabe, A. / Taguchi, H. / Tanaka, H. / Tachiwana, H. / Yao, T. / ...著者: Ueda, J. / Harada, A. / Urahama, T. / Machida, S. / Maehara, K. / Hada, M. / Makino, Y. / Nogami, J. / Horikoshi, N. / Osakabe, A. / Taguchi, H. / Tanaka, H. / Tachiwana, H. / Yao, T. / Yamada, M. / Iwamoto, T. / Isotani, A. / Ikawa, M. / Tachibana, T. / Okada, Y. / Kimura, H. / Ohkawa, Y. / Kurumizaka, H. / Yamagata, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b1l.cif.gz | 329.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b1l.ent.gz | 247.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b1l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15744.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm12260 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68433*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 遺伝子: Hist1h4a, Hist1h4b, H4-53, Hist1h4c, H4-12, Hist1h4d, Hist1h4f, Hist1h4h, Hist1h4i, Hist1h4j, Hist1h4k, Hist1h4m, Hist2h4a, Hist2h4, Hist4h4 プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P62806 #3: タンパク質 | 分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 遺伝子: Hist1h2ab, Hist1h2ac, Hist1h2ad, Hist1h2ae, Hist1h2ag, Hist1h2ai, Hist1h2an, Hist1h2ao プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22752, UniProt: C0HKE1*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 14307.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hist3h2ba / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9D2U9 |
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-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45053.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEM-T Easy / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha] |
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-非ポリマー , 3種, 242分子
#6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-MN / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF HISTONE H3T HAS BEEN REGISTERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 75240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.807 / Net I/av σ(I): 20.842 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 496153 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CV5 解像度: 2.35→41.833 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.87 Å2 / Biso mean: 48.1914 Å2 / Biso min: 14.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→41.833 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %
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