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- PDB-5b03: Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b03
タイトルStructure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate
要素MoeN5,DNA-binding protein 7d
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / alpha-helical fold / ligand complex (リガンド) / fusion tag
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Orthogonal Bundle ...DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GERANYL DIPHOSPHATE / MoeN5 / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Zhang, L. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. / Oldfield, E.O.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Moenomycin Biosynthesis: Structure and Mechanism of Action of the Prenyltransferase MoeN5.
著者: Zhang, L. / Chen, C.C. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Zheng, Y. / Liu, W. / Wang, I. / Malwal, S.R. / Feng, X. / Wang, K. / Huang, C.H. / Hsu, S.T. / Wang, A.H. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MoeN5,DNA-binding protein 7d
B: MoeN5,DNA-binding protein 7d
C: MoeN5,DNA-binding protein 7d
D: MoeN5,DNA-binding protein 7d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,5848
ポリマ－150,3274
非ポリマー1,2574
水11,620645
1
A: MoeN5,DNA-binding protein 7d
B: MoeN5,DNA-binding protein 7d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7924
ポリマ－75,1642
非ポリマー6282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
2
C: MoeN5,DNA-binding protein 7d
D: MoeN5,DNA-binding protein 7d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7924
ポリマ－75,1642
非ポリマー6282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.546, 217.336, 104.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-679-

HOH

21A-684-

HOH

31B-781-

HOH

41C-723-

HOH

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要素

#1: タンパク質
MoeN5,DNA-binding protein 7d / prenyltransferase / 7 kDa DNA-binding protein d / Sso7d


分子量: 37581.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of prenyltransferase (RESIDUES 1-260), LINKER AGAGA (RESIDUES 261-265) and Sso7d (RESIDUES 266-329)
由来: (組換発現) Streptomyces ghanaensis (バクテリア), (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
遺伝子: moeN5, sso7d, sso7d-1, SSO10610 / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A010, UniProt: P39476
#2: 化合物
ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ピロりん酸ネリル / ゲラニル二リン酸


分子量: 314.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 47970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B02

5b02


解像度: 2.6→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2296 4.7 %Random selection
Rwork0.178 ---
obs-46082 95.3 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9080 0 76 645 9801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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