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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aoy | ||||||
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タイトル | Structure of mouse Endonuclease V | ||||||
要素 | ENDONUCLEASE V | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / ENDONUCLEASE V | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cytoplasmic stress granule / single-stranded RNA binding / DNA修復 / 核小体 / magnesium ion binding / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Vik, E.S. / Nawaz, M.S. / Ronander, M.E. / Solvoll, A.M. / Strom-Andersen, P. / Bjoras, M. / Alseth, I. / Dalhus, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016 タイトル: Crystal Structure and Md Simulation of Mouse Endov Reveal Wedge Motif Plasticity in This Inosine-Specific Endonuclease. 著者: Nawaz, M.S. / Vik, E.S. / Ronander, M.E. / Solvoll, A.M. / Blicher, P. / Bjoras, M. / Alseth, I. / Dalhus, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5aoy.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5aoy.ent.gz | 48.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5aoy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aoy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/5aoy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4b20S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27706.111 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM41 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODON PLUS RIPL 参照: UniProt: Q8C9A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8729 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→32.47 Å / Num. obs: 32035 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4B20 解像度: 1.75→32.474 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 16.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→32.474 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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