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- PDB-5aoq: Structural basis of neurohormone perception by the receptor tyros... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aoq
タイトルStructural basis of neurohormone perception by the receptor tyrosine kinase Torso
要素
  • PREPROPTTH
  • TORSO胴体
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PTTH / PROTHORACICOTROPIC HORMONE / METAMORPHOSIS (変態) / DEVELOPMENTAL TIMING / NEUROHORMONE / PEPTIDE HORMONE (ペプチドホルモン) / CYSTINE KNOT (シスチンノット) / RECEPTOR TYROSINE KINASE (受容体型チロシンキナーゼ) / RTK / FIBRONECTIN TYPE III DOMAINS / NEGATIVE COOPERATIVITY
機能・相同性
機能・相同性情報


multicellular organism development / neuropeptide signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / hormone activity / 受容体型チロシンキナーゼ / membrane => GO:0016020 / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cystine-knot cytokine / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Cystine-knot cytokine / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase receptor torso / Prothoracicotropic hormone / PreproPTTH
類似検索 - 構成要素
生物種BOMBYX MORI (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jenni, S. / Goyal, Y. / von Grotthuss, M. / Shvartsman, S.Y. / Klein, D.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Neurohormone Perception by the Receptor Tyrosine Kinase Torso.
著者: Jenni, S. / Goyal, Y. / von Grotthuss, M. / Shvartsman, S.Y. / Klein, D.E.
履歴
登録2015年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 2.02017年12月13日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation_author
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation_author.name
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TORSO
B: TORSO
L: PREPROPTTH
M: PREPROPTTH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0336
ポリマ－89,1844
非ポリマー8492
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-27.5 kcal/mol
Surface area40120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.420, 90.960, 244.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99997, 0.00698, 0.00169), (-0.00691, -0.99907, 0.04253), (0.00198, 0.04252, 0.99909)52.34299, 131.83173, -2.03915
2given(-0.99906, 0.03719, 0.02213), (-0.03279, -0.98422, 0.17386), (0.02824, 0.17298, 0.98452)47.15434, 108.94835, -9.81955

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要素

#1: タンパク質 TORSO / 胴体 / RECEPTOR TYROSINE KINASE TORSO


分子量: 31792.479 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, UNP RESIDUES 24-287 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOMBYX MORI (カイコ) / プラスミド: PFASTBAC / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: D2IYS2, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: タンパク質 PREPROPTTH / PROTHORACICOTROPIC HORMONE PTTH


分子量: 12799.489 Da / 分子数: 2 / 断片: ACTIVE MATURE FORM, UNP RESIDUES 119-224 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOMBYX MORI (カイコ) / プラスミド: PFASTBAC / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q17238, UniProt: P17219*PLUS
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 1.5-2.0 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM 2-(N-MORPHOLINO)ETHANESULFONIC ACID [MES], PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999997
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→200 Å / Num. obs: 33621 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 28.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASERモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
PHASER位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→19.975 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3622 1569 4.8 %
Rwork0.3418 --
obs0.3428 32734 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5238 0 56 0 5294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7487451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.382038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.7870.48761320.43872176X-RAY DIFFRACTION77
2.787-2.88640.43391310.41952748X-RAY DIFFRACTION97
2.8864-3.00160.40941480.42152862X-RAY DIFFRACTION99
3.0016-3.13770.39621380.40942881X-RAY DIFFRACTION100
3.1377-3.30240.46791510.38252836X-RAY DIFFRACTION100
3.3024-3.50830.411380.37272902X-RAY DIFFRACTION100
3.5083-3.77750.34771450.34492882X-RAY DIFFRACTION100
3.7775-4.15450.35241290.30552917X-RAY DIFFRACTION100
4.1545-4.74860.26641400.26422927X-RAY DIFFRACTION100
4.7486-5.95630.26141650.27762960X-RAY DIFFRACTION100
5.9563-19.97570.34821520.31173074X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2-0.1894-0.11160.2947-0.25361.35330.0435-0.1011-0.00050.3455-0.09050.1111-0.1959-0.0807-0.16660.3371-0.19310.03750.32740.1258-0.658431.163377.5053129.6214
24.20323.440.9358.31581.29110.2641-0.4221-0.29390.30910.620.17190.9330.3011-0.43650.07530.55030.2616-0.08660.6228-0.00490.168918.786875.6483127.2626
32.74250.849-0.71091.19220.09492.2069-0.0621-0.20260.40.25070.17250.2673-0.9216-0.5935-0.05810.53050.2954-0.07730.31440.1791-0.054430.182390.4353135.0716
40.64390.0878-0.46010.1658-0.33460.8008-0.27010.0011-0.048-0.41140.0528-0.06170.44760.01750.10780.3948-0.1595-0.18990.33110.45370.668441.414475.9846132.5331
55.88050.1714-0.28995.29621.56872.124-0.221-0.663-0.00721.21070.1163-0.03940.15960.05110.02230.5440.09720.03020.0918-0.03330.153831.282485.9022136.4424
60.7277-0.22031.29791.7692-0.90582.604-0.079-0.00240.0957-0.15380.02740.3262-0.2996-0.5221-0.13960.42530.3392-0.21020.26360.04980.143227.796285.6575126.9862
74.6093-0.053-1.78541.9554-0.1793.96930.25071.4716-0.391-0.33940.1867-0.454-0.0126-0.2721-0.4350.9778-0.0789-0.07570.6538-0.17920.279926.718598.2424165.7836
88.27764.32753.26355.31921.04381.87440.7605-1.33320.22650.2319-0.62810.6952-0.0767-0.5210.23160.4404-0.179-0.12910.5451-0.37360.351615.367193.7552167.1601
99.41413.51987.41732.01592.98045.9133-0.65721.68170.4829-1.83830.29570.3065-1.62530.21130.39821.5141-0.1129-0.03131.687-0.09841.083937.0414102.0831154.0527
101.2539-0.6570.55821.53472.25995.723-0.30120.6118-0.1768-0.45720.16760.05360.888-0.44750.16410.94560.0074-0.0660.8384-0.19180.209925.67486.2098161.7174
116.9337-2.7279-0.97857.34717.08557.2940.15820.71180.5019-1.65290.2045-0.898-1.06940.1932-0.39770.859-0.01110.17930.2624-0.10810.298125.14496.5985153.885
120.82290.24320.73180.34171.44086.21320.25710.1617-0.25960.00880.0572-0.04730.88270.0806-0.4060.8821-0.1209-0.30780.26680.03180.245418.055488.9735171.6933
130.59750.9684-0.55173.3269-3.44714.2179-0.50990.0412-0.3876-0.37550.2125-0.35631.4760.95980.28840.70.0720.1080.5801-0.33890.548531.382489.3571165.0454
141.8035-0.04180.3121.1944-0.91130.8460.1534-0.61750.0666-0.35390.2192-0.06710.03350.8802-0.18110.8007-0.0347-0.05770.6988-0.3770.391727.889294.4151170.0876
153.74620.82984.45280.50591.00915.2930.46810.8917-0.1565-0.5782-0.02390.66770.4561-0.8413-0.4690.57080.317-0.18830.93980.16480.53559.001598.8809181.62
160.58010.4370.06991.0092-0.36281.1177-0.0557-0.0835-0.07740.1039-0.1539-0.4654-0.00530.32740.0026-0.434-0.23310.21240.38880.3879-0.591327.728261.0561130.1929
171.4051-0.5833-0.2312.7185-0.91332.463-0.1943-0.2087-0.45030.58820.06710.32160.0027-0.0885-0.11940.05560.3141-0.00490.2470.23580.199319.939347.0204136.2787
180.47860.4053-0.2670.6045-0.94223.51410.0152-0.1921-0.266-0.1271-0.0709-0.29160.61010.57780.37650.55670.17380.20970.25110.1231-0.255128.460649.1241133.7091
195.92591.83323.38721.04941.42142.2232-0.3670.19241.05920.1329-0.10580.1085-0.40690.16490.4390.4797-0.24030.18310.1255-0.06420.407711.721561.0775133.8934
206.74980.00130.12972.9883-1.84894.4859-0.3337-0.82130.10640.40220.41550.075-0.0221-0.09020.11090.20490.0805-0.23640.04310.12880.022422.014952.322140.3897
210.7111-0.6651-0.55040.65910.72641.51-0.01510.2301-0.0443-0.3544-0.0776-0.4576-0.06820.3679-0.02-0.3354-0.22030.37060.28090.15280.018424.286550.7993129.1142
221.88621.287-0.03771.6406-0.00120.00130.02130.70280.1632-0.41690.27910.16560.00890.2042-0.3080.8504-0.02050.05610.83960.06130.160626.655840.7305167.9676
238.83734.61564.01258.8714.1814.5768-0.2117-0.5901-1.76080.30310.1198-0.86371.24640.78660.10511.35490.316-0.210.78340.14250.70148.132948.805174.5607
240.91840.2296-0.05560.44950.1240.05040.1505-0.13780.02280.2391-0.00950.0419-0.18530.13940.06660.61190.04320.04790.50060.28220.09832.044443.0704166.142
255.59810.95-6.1420.2142-1.0446.7416-0.76212.35740.3749-2.88610.13090.48431.5671-0.60730.57341.6634-0.0308-0.3081.52760.43780.847516.156136.5396156.0279
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317.3861-2.8338-1.38963.6595-0.74313.41360.2121-1.2040.26951.2219-0.0549-0.5737-0.1668-0.4308-0.13950.8486-0.0869-0.3250.58610.12560.556323.0361.9468177.4044
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380.4726-1.33080.79294.7283-2.92411.81390.23121.2980.6882-1.3652-0.2707-0.8962-0.20731.83620.0921.1462-0.2089-0.03091.04340.18860.409132.931668.232156.4205
392.1143-3.6271-2.79398.57758.1018.3450.5342-0.6210.608-0.3253-0.439-0.2649-0.6033-0.1396-0.08761.95950.3643-0.29121.21220.26111.193541.503565.6148146.9439
408.1422-3.4333-3.16976.1881-1.54692.98660.54760.6799-0.3609-0.2630.4108-0.92110.53860.9513-0.89411.17930.3851-0.03820.83-0.21210.589430.801958.6244148.7033
410.07550.0701-0.41970.568-1.49454.72010.015-0.15780.1540.2343-0.3871-0.0289-0.6399-0.36810.34990.3693-0.1167-0.01331.5286-0.28860.357533.935666.1999152.7643
428.232-4.04356.57625.5499-3.46516.2064-0.46580.51810.3662-0.30460.3750.3182-1.3941-1.05350.0050.6081-0.0337-0.07150.54090.17890.11235.046266.7415181.8255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 4 THROUGH 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 28 THROUGH 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 48 THROUGH 80 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 81 THROUGH 89 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 90 THROUGH 116 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 117 THROUGH 133 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 147 THROUGH 158 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 159 THROUGH 171 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND (RESID 172 THROUGH 180 )) OR (CHAIN A AND RESI 9172) OR (CHAIN A AND RESI 8172)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 181 THROUGH 197 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESID 198 THROUGH 207 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN A AND (RESID 208 THROUGH 214 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESID 215 THROUGH 222 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN A AND (RESID 223 THROUGH 239 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN A AND (RESID 240 THROUGH 249 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 4 THROUGH 43 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 44 THROUGH 67 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 68 THROUGH 80 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN B AND (RESID 81 THROUGH 89 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND (RESID 90 THROUGH 110 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN B AND (RESID 111 THROUGH 133 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN B AND (RESID 147 THROUGH 158 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN B AND (RESID 159 THROUGH 163 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN B AND (RESID 164 THROUGH 171 )
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND (RESID 172 THROUGH 180 )) OR (CHAIN B AND RESI 7172) OR (CHAIN B AND RESI 6172)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN B AND (RESID 181 THROUGH 197 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN B AND (RESID 198 THROUGH 207 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN B AND (RESID 208 THROUGH 222 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN B AND (RESID 223 THROUGH 239 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN B AND (RESID 240 THROUGH 249 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN L AND (RESID 9 THROUGH 19 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN L AND (RESID 20 THROUGH 34 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN L AND (RESID 35 THROUGH 66 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN L AND (RESID 67 THROUGH 97 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN M AND (RESID 4 THROUGH 14 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN M AND (RESID 15 THROUGH 34 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN M AND (RESID 35 THROUGH 52 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN M AND (RESID 53 THROUGH 62 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN M AND (RESID 63 THROUGH 67 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN M AND (RESID 68 THROUGH 77 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN M AND (RESID 78 THROUGH 88 )
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN M AND (RESID 89 THROUGH 97 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る