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- PDB-5ao1: Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-583) b... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ao1 | ||||||
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Title | Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 115-583) bound to ddGTP | ||||||
![]() | DEOXYNUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE TRIPHOSPHOHYDROLASE SAMHD1 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Nucleotide catabolism / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schwefel, D. / Taylor, I.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Phospho-Dependent Regulation of Samhd1 Oligomerisation Couples Catalysis and Restriction. Authors: Arnold, L.H. / Groom, H.C.T. / Kunzelmann, S. / Schwefel, D. / Caswell, S.J. / Ordonez, P. / Mann, M.C. / Rueschenbaum, S. / Goldstone, D.C. / Pennell, S. / Howell, S.A. / Stoye, J.P. / ...Authors: Arnold, L.H. / Groom, H.C.T. / Kunzelmann, S. / Schwefel, D. / Caswell, S.J. / Ordonez, P. / Mann, M.C. / Rueschenbaum, S. / Goldstone, D.C. / Pennell, S. / Howell, S.A. / Stoye, J.P. / Webb, M. / Taylor, I.A. / Bishop, K.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 731 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 606.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ao0C ![]() 5ao2C ![]() 5ao3C ![]() 5ao4C ![]() 3u1nS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56884.098 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 115-583 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q9Y3Z3, ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 190 molecules ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/DG3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DG3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FE / ![]() #3: Chemical | ChemComp-DG3 / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 49.1 % / Description: NONE |
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Crystal grow![]() | Details: 100 MM BIS TRIS PROPANE-HCL, 150 MM NA2SO4, 13.5% PEG 3350 PH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.54→50 Å / Num. obs: 65199 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.26 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.54→2.7 Å / Redundancy: 4.12 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / % possible all: 80 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 3U1N Resolution: 2.545→49.228 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2 / Phase error: 25.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.545→49.228 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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