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- PDB-5an1: Crystallographic structure of the Glutathione S-Transferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5an1
タイトルCrystallographic structure of the Glutathione S-Transferase from Litopenaeus vannamei complexed with Glutathione
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASEグルタチオン-S-トランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GLUTATHIONE (グルタチオン) / XENOBIOTIC (生体異物) / DISULPHIDE BOND GST / MU- CLASS
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, Mu class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種LITOPENAEUS VANNAMEI (バナメイエビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Juarez-Martinez, A.B. / Sotelo-Mundo, R. / Rudino-Pinera, E.
引用ジャーナル: J. Biochem. Mol. Toxicol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a class-mu glutathione S-transferase from whiteleg shrimp Litopenaeus vannamei: structural changes in the xenobiotic binding H-site may alter the spectra of molecules bound.
著者: Juarez-Martinez, A.B. / Sotelo-Mundo, R.R. / Rudino-Pinera, E.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,87816
ポリマ－204,4208
非ポリマー2,4598
水36,6792036
1
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7204
ポリマ－51,1052
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7204
ポリマ－51,1052
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-20.3 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
3
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子

F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7204
ポリマ－51,1052
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-19.7 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
4
F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子

C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7204
ポリマ－51,1052
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-19.7 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
5
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7204
ポリマ－51,1052
非ポリマー6152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-21.9 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.025, 101.943, 166.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ


分子量: 25552.455 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP RESIDUES 1-219 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LITOPENAEUS VANNAMEI (バナメイエビ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q49SB0, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2M SODIUM FORMATE,20% PEG3350, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45 Å / Num. obs: 135630 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 19.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.14
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6GSW

6gsw


解像度: 2→38.356 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2622 2064 1.5 %
Rwork0.2138 --
obs0.2146 135411 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14376 0 160 2036 16572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24620240
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6985578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.04650.30371000.23498834X-RAY DIFFRACTION97
2.0465-2.09770.32431590.24278815X-RAY DIFFRACTION97
2.0977-2.15440.3181370.25148887X-RAY DIFFRACTION97
2.1544-2.21780.27641320.25348955X-RAY DIFFRACTION97
2.2178-2.28940.38711180.34477484X-RAY DIFFRACTION82
2.2894-2.37120.31331270.23168937X-RAY DIFFRACTION98
2.3712-2.46610.24841490.22128939X-RAY DIFFRACTION98
2.4661-2.57830.28621350.2119005X-RAY DIFFRACTION98
2.5783-2.71420.27781500.22288957X-RAY DIFFRACTION98
2.7142-2.88420.27071500.2198998X-RAY DIFFRACTION98
2.8842-3.10680.25171250.22229095X-RAY DIFFRACTION98
3.1068-3.41930.24121580.21179061X-RAY DIFFRACTION99
3.4193-3.91370.23331420.19459000X-RAY DIFFRACTION98
3.9137-4.92920.24711390.1729121X-RAY DIFFRACTION99
4.9292-38.36350.21361430.18279259X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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