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万見
- PDB-5a3g: Structure of herpesvirus nuclear egress complex subunit M50 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a3g
タイトルStructure of herpesvirus nuclear egress complex subunit M50
要素M50
キーワードVIRAL PROTEIN / NUCLEAR EGRESS
機能・相同性Herpesvirus viron egress-type / Herpesvirus virion protein U34 / membrane => GO:0016020 / host cell nucleus / Uncharacterized protein M50 / M50 protein
機能・相同性情報
生物種MURID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING WITH TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATION, RDC, WATERBOX REFINEMENT
データ登録者Leigh, K.E. / Boeszoermenyi, A. / Mansueto, M.S. / Sharma, M. / Filman, D.J. / Coen, D.M. / Wagner, G. / Hogle, J.M. / Arthanari, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of a Herpesvirus Nuclear Egress Complex Subunit Reveals an Interaction Groove that is Essential for Viral Replication
著者: Leigh, K.E. / Sharma, M. / Mansueto, M.S. / Boeszoermenyi, A. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. / Wagner, G. / Coen, D.M. / Arthanari, H.
履歴
登録2015年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4021
ポリマ－19,4021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 M50


分子量: 19402.285 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-168 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GENERATED AFTER CLEAVAGE FROM AN INTEIN AFFINITY TAG RESULTING IN AN ADDITIONAL THREE RESIDUES (ALA-GLY-HIS) BEFORE THE STARTING METHIONINE RESIDUE.
由来: (組換発現) MURID HERPESVIRUS 1 (ヘルペスウイルス)
株: SMITH / プラスミド: IMPACT-CN PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: H2A365, UniProt: D3XDN8*PLUS
配列の詳細ADDITIONAL 3 RESIDUES (ALA-GLY-HIS) IN SAMPLE SEQUENCE BEFORE THE BEGINNING METHIONINE LEFT FROM ...ADDITIONAL 3 RESIDUES (ALA-GLY-HIS) IN SAMPLE SEQUENCE BEFORE THE BEGINNING METHIONINE LEFT FROM THE CLEAVAGE OF THE INTEIN AFFINITY TAG. THE REMAINING SEQUENCE IS RESIDUES 1-168 OF M50 GIVING A TOTAL OF 171 RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N TROSY
121TROSY HNCA
131TROSY HN(CA)CB
141TROSY HN(CA)CO
151TROSY HNCO
161TROSY HN(CO)CA
271RDC HNCO
38115N NOESYHSQC
49113C HSQC
510113C NOESYHSQC
6111C(CO)NH
7121(H)CCH-TOCSY
7131H(CCO)NH
814113C ILV NOESY
815115N ILV NOESY
916113C ILV HSQC
91714D 13C HMQC- NOESY-HMQC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE AND NOESY-BASED NMR EXPERIMENTS ON 13C,15N-LABELED M50 ( RESIDUES 1-168).

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
193% H2O/7% D2O, M50 230 UMOL/L
293% H2O/7% D2O, M50 230 UMOL/L
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11756.51.0 atm291.15 K
21756.51.0 atm291.15 K
31756.51.0 atm291.15 K
41756.51.0 atm291.15 K
51756.51.0 atm291.15 K
61756.51.0 atm291.15 K
71756.51.0 atm291.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7501
Varian INOVAVarianINOVA6002
9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AmberCASE, CHEATHAM, MERZ, ROITBERG, SIMMERLING, LUO, WANG, WALKER,精密化
CYANA3構造決定
NMRDraw11構造決定
TALOS+1.2009.0605.17構造決定
CcpNmr Analysis2.4構造決定
NMRPipe11構造決定
hmsIST2.11構造決定
CARA1.8.4構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING WITH TORSION ANGLE DYNAMICS SIMULATION, RDC, WATERBOX REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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