PDB-4zv9: 2.00 Angstrom resolution crystal structure of an uncharacterized ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zv9

タイトル

2.00 Angstrom resolution crystal structure of an uncharacterized protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai

要素

Uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function / MCSG /

Human Microbiome (ヒトマイクロバイオーム) / PSI-Biology /

Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Filippova, E.V. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.00 Angstrom resolution crystal structure of an uncharacterized protein from Escherichia coli O157:H7 str. Sakai
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Filippova, E.V. / Kiryukhina, O. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2015年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zv9.cif.gz	590.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zv9.ent.gz	511.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/4zv9	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7am5-d 5l9v-1 7am8-d 4aor-1 7am6-3 2sbt-d 2qvp-2 2g7e-d 4dwz-2 7am3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC113081

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC113081

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

160 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.615, 96.341, 129.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	57 - 294
2	1	B	57 - 294
1	2	A	57 - 294
2	2	C	57 - 294
1	3	A	57 - 294
2	3	D	57 - 294
1	4	A	57 - 294
2	4	E	57 - 294
1	5	A	57 - 294
2	5	F	57 - 294
1	6	B	57 - 294
2	6	C	57 - 294
1	7	B	57 - 294
2	7	D	57 - 294
1	8	B	57 - 294
2	8	E	57 - 294
1	9	B	57 - 294
2	9	F	57 - 294
1	10	C	57 - 294
2	10	D	57 - 294
1	11	C	57 - 294
2	11	E	57 - 294
1	12	C	57 - 294
2	12	F	57 - 294
1	13	D	57 - 294
2	13	E	57 - 294
1	14	D	57 - 294
2	14	F	57 - 294
1	15	E	57 - 294
2	15	F	57 - 294

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 26403.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: Sakai / 遺伝子: ECs3884 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMagic / 参照: UniProt: Q7AAT4, UniProt: Q8XBV0*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 1325分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Crystallization: The JCSG+ Suite (D12): 0.04 M Potasium phosphate, 16% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol Protein: 8.7 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 0.25 M NaCl, 5 mM BME Freezing: crystallization condition

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39 Å / Num. obs: 115793 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→38.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 6.683 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	5263	4.9 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.169	101473	92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0.29 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11136	0	82	1312	12530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11795
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	10881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.965	16062
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.123	3	25050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.459	5	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.966	24.039	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.978	15	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.661	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	13780
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14249	0.07
1	2	B	14249	0.07
2	1	A	14227	0.07
2	2	C	14227	0.07
3	1	A	14138	0.07
3	2	D	14138	0.07
4	1	A	14081	0.07
4	2	E	14081	0.07
5	1	A	14255	0.07
5	2	F	14255	0.07
6	1	B	13958	0.08
6	2	C	13958	0.08
7	1	B	14165	0.07
7	2	D	14165	0.07
8	1	B	13967	0.08
8	2	E	13967	0.08
9	1	B	14276	0.06
9	2	F	14276	0.06
10	1	C	13766	0.09
10	2	D	13766	0.09
11	1	C	13797	0.09
11	2	E	13797	0.09
12	1	C	14032	0.08
12	2	F	14032	0.08
13	1	D	14123	0.08
13	2	E	14123	0.08
14	1	D	14177	0.08
14	2	F	14177	0.08
15	1	E	14084	0.08
15	2	F	14084	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	270	-
R_work	0.207	5024	-
obs	-	-	62.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.366	-0.6882	0.1818	2.3821	-1.0987	2.3202	0.226	-0.0072	0.2235	-0.2424	-0.2063	-0.1262	-0.0233	0.1884	-0.0197	0.0615	-0.0256	0.008	0.1287	-0.0167	0.1207	63.9883	57.4593	85.7259
2	2.947	-0.2241	-0.1438	0.4235	-0.2191	1.2976	0.0625	-0.5685	0.1674	0.1123	-0.0145	-0.0339	-0.0655	0.2843	-0.048	0.0371	-0.0412	-0.0035	0.2521	-0.0521	0.0716	71.4544	58.2393	99.9434
3	1.225	0.448	0.3064	1.1986	0.8873	2.0268	0.1327	-0.2597	-0.1393	0.2138	-0.1003	-0.0094	0.3394	0.0607	-0.0324	0.0718	0.0009	-0.0211	0.0933	-0.0031	0.0998	18.7221	8.5808	87.6796
4	1.5006	-0.063	0.227	0.1857	0.0609	1.2336	0.0393	-0.0546	-0.0476	0.0123	-0.0442	-0.0023	0.1203	-0.081	0.0049	0.017	-0.0023	-0.0189	0.029	-0.0283	0.0746	9.7384	12.107	74.7709
5	2.7527	1.7792	-0.0773	5.4563	-0.8693	2.3584	0.0915	0.2344	-0.5276	0.0209	-0.2559	-1.5871	0.3938	0.4625	0.1644	0.3387	0.1871	-0.111	0.1708	0.0271	0.6139	71.5236	19.2725	126.2282
6	3.7398	1.3194	-0.5197	5.0708	-0.6013	2.5751	0.4012	-0.1789	-0.4011	1.0936	-0.6548	-2.0608	-0.0697	0.6882	0.2536	0.5394	0.0048	-0.5032	0.339	0.2211	0.963	80.3984	27.9845	136.5857
7	2.8058	0.4054	-1.0722	4.8847	2.0357	2.9266	0.4117	-0.3086	-0.2946	0.6181	-0.3187	-0.4027	0.381	0.1251	-0.093	0.5762	0.0921	-0.2106	0.1575	0.0709	0.1879	56.4452	5.8638	130.5288
8	2.0061	0.2992	0.3049	2.201	-0.3363	0.7679	0.2694	0.0275	-0.1788	0.285	-0.0543	-0.0413	0.2803	-0.0737	-0.2152	0.4405	0.1105	-0.097	0.1027	0.0284	0.0695	44.2173	8.402	119.6988
9	3.8032	-1.739	0.9453	3.4653	-1.4978	2.7519	0.0974	0.2757	0.0725	-0.169	-0.0749	0.0262	0.1779	-0.0285	-0.0225	0.0196	-0.0084	-0.0133	0.1078	-0.0163	0.0481	38.8242	13.1074	76.2319
10	1.4785	-0.0511	-0.0767	0.6403	0.2239	1.2132	-0.0228	0.0374	0.0133	0.1094	0.1143	-0.0904	0.0091	0.1995	-0.0915	0.0301	0.0119	-0.0312	0.0668	-0.0073	0.0513	46.7562	18.1632	89.7741
11	1.4246	0.0996	-0.4266	2.4246	2.1039	2.2361	0.0618	-0.4108	0.0518	0.1623	-0.0741	0.1176	0.0836	0.0181	0.0122	0.0506	-0.0117	0.0129	0.1585	0.0183	0.0656	43.4893	50.1863	95.5994
12	1.652	-0.0109	-0.0794	0.4374	-0.0674	0.8126	0.0678	-0.132	0.1302	-0.0065	-0.0196	0.0164	-0.0524	-0.1017	-0.0482	0.0178	0.0075	0.0263	0.0324	0.0003	0.046	34.6087	56.6529	83.6926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	57 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	95 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	57 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	95 - 294
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	57 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	158 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	57 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	96 - 294
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	57 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	96 - 294
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	57 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	96 - 294

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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