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- PDB-4zld: Crystal structure of human Roquin-2 ROQ domain in complex with Ro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zld
タイトルCrystal structure of human Roquin-2 ROQ domain in complex with Roquin CDE RNA
要素
  • RNA (5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*UP*G)-3')
  • Roquin-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / limb development / lung alveolus development / RNA stem-loop binding / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development ...regulation of miRNA metabolic process / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / limb development / lung alveolus development / RNA stem-loop binding / T cell homeostasis / B cell homeostasis / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / post-embryonic development / P-body / multicellular organism growth / RING-type E3 ubiquitin transferase / cytoplasmic stress granule / protein polyubiquitination / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin protein ligase activity / double-stranded RNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / T cell receptor signaling pathway / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / 細胞膜 / DNA binding / RNA binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / : / Roquin 1/2-like, ROQ domain / Roquin II / Roquin II domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1790 / : / Roquin 1/2-like, ROQ domain / Roquin II / Roquin II domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Roquin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sakurai, S. / Ohto, U. / Shimizu, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science KAKENHI26711002 日本
Japan Society for the Promotion of Science KAKENHI25291010 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of human Roquin-2 and its complex with constitutive-decay element RNA
著者: Sakurai, S. / Ohto, U. / Shimizu, T.
履歴
登録2015年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roquin-2
B: RNA (5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3686
ポリマ－22,9992
非ポリマー3684
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.236, 89.955, 84.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-680-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Roquin-2 / Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...Membrane-associated nucleic acid-binding protein / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 2 / RING finger protein 164


分子量: 17593.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 171-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H2, MNAB, RNF164 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9HBD1
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*AP*CP*UP*UP*CP*UP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*UP*G)-3')


分子量: 5406.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG8000, 100 mM Tris, 200 mM LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 29045 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 24.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.6→49.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.273 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17635 1473 5.1 %RANDOM
Rwork0.15518 ---
obs0.15623 27572 95.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 357 24 186 1770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0171686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.7992353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91333339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9415159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.68923.72959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55615239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1591511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1252.04627
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1272.038625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.773.059789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7693.061790
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.682.2041059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6792.2041059
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6363.2261565
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.64918.1852154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.64818.1842154
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 101 -
Rwork0.21 1871 -
obs--89.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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