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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zfb | ||||||
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タイトル | Cytochrome P450 pentamutant from BM3 bound to Palmitic Acid | ||||||
要素 | Bifunctional P-450/NADPH-P450 reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytochrome P450 (シトクロムP450) / Heme Oxidase Domain / Bacillus megaterium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / 非特異的モノオキシゲナーゼ / aromatase activity / 代謝 / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / 非特異的モノオキシゲナーゼ / aromatase activity / 代謝 / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å | ||||||
データ登録者 | Rogers, W.E. / Othman, T. / Heidary, D.K. / Huxford, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: Effect of Mutation and Substrate Binding on the Stability of Cytochrome P450BM3 Variants. 著者: Geronimo, I. / Denning, C.A. / Rogers, W.E. / Othman, T. / Huxford, T. / Heidary, D.K. / Glazer, E.C. / Payne, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zfb.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zfb.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zfb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/4zfb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4zf6C 4zf8C 4zfaC 3nplS 4zf9 4zfd 4zfe C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53500.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-461 / 変異: R47L, F81I, F87V, L188Q, E267V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: cyp102A1, cyp102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P14779, 非特異的モノオキシゲナーゼ, NADPH-ヘムタンパク質レダクターゼ |
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-非ポリマー , 5種, 63分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-PLM / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-NI / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 17.5mM NiCl2, 50mM PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→177.81 Å / Num. obs: 18183 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→2.92 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 80.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NPL 解像度: 2.84→117.929 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.82 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.84→117.929 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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