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- PDB-4zeb: PBP AccA from A. tumefaciens C58 in complex with agrocinopine A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zeb
タイトルPBP AccA from A. tumefaciens C58 in complex with agrocinopine A
要素ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)ATP-binding cassette transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PBP / CLASS C
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-arabinopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ABC transporter substrate-binding protein / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者El Sahili, A. / Morera, S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
著者: El Sahili, A. / Li, S.Z. / Lang, J. / Virus, C. / Planamente, S. / Ahmar, M. / Guimaraes, B.G. / Aumont-Nicaise, M. / Vigouroux, A. / Soulere, L. / Reader, J. / Queneau, Y. / Faure, D. / Morera, S.
履歴
登録2015年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 3.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)
B: ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,6698
ポリマ－114,3562
非ポリマー1,3136
水9,512528
1
A: ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8134
ポリマ－57,1781
非ポリマー6343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8574
ポリマ－57,1781
非ポリマー6793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.210, 51.240, 119.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B) / ATP-binding cassette transporter


分子量: 57178.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-521 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: accA, Atu6139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7D2F4, UniProt: Q52012*PLUS

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 alpha-D-gulopyranose-(1-2)-4-O-phosphono-beta-D-fructofuranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_4*OPO/3O/3=O][a2212h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Gulp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-ARA / alpha-L-arabinopyranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノピラノ-ス / アラビノース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 530分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 20K, 0.1M MES PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 78059 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33.48 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 7.87
反射 シェル解像度: 1.89→2.01 Å / Rsym value: 0.926 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OUP

4oup
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.89→37.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 3902 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.174 78050 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.338 Å20 Å2-0.057 Å2
2--0.2327 Å20 Å2
3---6.1053 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.246 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→37.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7886 0 83 528 8497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018217HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0611177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2805SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1170HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8217HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1031SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9892SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3741 243 4.98 %
Rwork0.3116 4634 -
all0.3146 4877 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51470.2804-0.39820.8021-0.54191.37580.0412-0.1036-0.00450.1012-0.1354-0.01220.02570.25520.0943-0.08390.02360.0236-0.0550.0268-0.0635.88516.080832.2491
21.19340.59120.47080.78280.1761.16010.0256-0.28640.1620.0889-0.1150.05310.0346-0.10320.0895-0.11930.01830.0069-0.0601-0.0521-0.0576.7638-5.749820.6917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A 32 A 521
2X-RAY DIFFRACTION2B 32 B 521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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