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Yorodumi- PDB-4zcv: Structure of calcium-bound regulatory domain of the human ATP-Mg/... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zcv | ||||||
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Title | Structure of calcium-bound regulatory domain of the human ATP-Mg/Pi carrier in the P212121 form | ||||||
Components | Calcium-binding mitochondrial carrier protein SCaMC-1 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / EF-hand / ATP-Mg/Pi / carrier / calcium | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / ATP:phosphate antiporter activity / ADP:phosphate antiporter activity / ATP transmembrane transporter activity / ADP transport / ATP transport / mitochondrial ATP transmembrane transport / mitochondrial transport / cellular response to calcium ion ...adenine nucleotide transmembrane transporter activity / adenine nucleotide transport / ATP:phosphate antiporter activity / ADP:phosphate antiporter activity / ATP transmembrane transporter activity / ADP transport / ATP transport / mitochondrial ATP transmembrane transport / mitochondrial transport / cellular response to calcium ion / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / mitochondrion / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Harborne, S.P.D. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R.S. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2015 Title: Calcium-induced conformational changes in the regulatory domain of the human mitochondrial ATP-Mg/Pi carrier. Authors: Harborne, S.P. / Ruprecht, J.J. / Kunji, E.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zcv.cif.gz | 267.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zcv.ent.gz | 215.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zcv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zcv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4zcuC 4n5xS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18869.922 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 14-174 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SLC25A24, APC1, MCSC1, SCAMC1 / Plasmid: pNZ8048 / Production host: Lactococcus lactis (lactic acid bacteria) / Strain (production host): NZ9000 / References: UniProt: Q6NUK1 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.78 % / Description: Tetrahedral bi-pyramidal |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 25-30% (w/v) PEG 8000, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 85 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 1.002 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.002 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→40.1 Å / Num. obs: 17779 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 52.38 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 57586 / Scaling rejects: 24 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4N5X Resolution: 2.8→40.098 Å / FOM work R set: 0.8129 / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 166.69 Å2 / Biso mean: 60.8 Å2 / Biso min: 16.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→40.098 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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