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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zax | ||||||
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タイトル | Structure of UbiX in complex with oxidised prenylated FMN (radical) | ||||||
要素 | UbiXFlavin prenyltransferase (UbiX) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / prenyl transferase (プレニル基転移酵素) / flavin binding / UbiX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavin prenyltransferase / flavin prenyltransferase activity / prenyltransferase activity / carboxy-lyase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å | ||||||
データ登録者 | White, M.D. / Leys, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: UbiX is a flavin prenyltransferase required for bacterial ubiquinone biosynthesis. 著者: White, M.D. / Payne, K.A. / Fisher, K. / Marshall, S.A. / Parker, D. / Rattray, N.J. / Trivedi, D.K. / Goodacre, R. / Rigby, S.E. / Scrutton, N.S. / Hay, S. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zax.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zax.ent.gz | 43.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zax.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/4zax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/4zax | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12|||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22384.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA4019 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9HX08, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-4LU / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 12% PEG 3350, 150mM sodium thiocyanate and 100mM Tris pH 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.61→42.75 Å / Num. obs: 29027 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→42.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.449 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.876 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.61→42.75 Å
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拘束条件 |
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