PDB-4z88: SH3-II of Drosophila Rim-binding protein with Aplip1 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z88

タイトル

SH3-II of Drosophila Rim-binding protein with Aplip1 peptide

要素

JNK-interacting protein 1
RIM-binding protein, isoform F

キーワード

RIM-BINDING PROTEIN /

Synapse (シナプス) /

Active Zone /

SH3 domain (SH3ドメイン) / Aplip1

機能・相同性

機能・相同性情報

retrograde synaptic vesicle transport / anterograde synaptic vesicle transport / presynaptic active zone organization / Pregnenolone biosynthesis / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / cytoskeletal matrix organization at active zone ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Driller, J.H. / Holton, N. / Siebert, M. / Boehme, M.A. / Wahl, M.C. / Sigrist, S.J. / Loll, B.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: A high affinity RIM-binding protein/Aplip1 interaction prevents the formation of ectopic axonal active zones.
著者: Siebert, M. / Bohme, M.A. / Driller, J.H. / Babikir, H. / Mampell, M.M. / Rey, U. / Ramesh, N. / Matkovic, T. / Holton, N. / Reddy-Alla, S. / Gottfert, F. / Kamin, D. / Quentin, C. / ...

履歴

登録	2015年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z88.cif.gz	380.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z88.ent.gz	314.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z89C 4z8aC 2csqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ytx-d 6h5t-2 1doy-d 5ytv-d 4z89-10 1zv6-d 5tzf-4 1c07-d 4icu-2 4z89-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: RIM-binding protein, isoform F

B: RIM-binding protein, isoform F

C: RIM-binding protein, isoform F

D: RIM-binding protein, isoform F

E: RIM-binding protein, isoform F

F: RIM-binding protein, isoform F

G: RIM-binding protein, isoform F

H: RIM-binding protein, isoform F

I: RIM-binding protein, isoform F

J: RIM-binding protein, isoform F

K: RIM-binding protein, isoform F

L: RIM-binding protein, isoform F

M: JNK-interacting protein 1

N: JNK-interacting protein 1

O: JNK-interacting protein 1

P: JNK-interacting protein 1

Q: JNK-interacting protein 1

R: JNK-interacting protein 1

S: JNK-interacting protein 1

T: JNK-interacting protein 1

U: JNK-interacting protein 1

V: JNK-interacting protein 1

W: JNK-interacting protein 1

X: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

124 kDa, 24 ポリマー
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1

A: RIM-binding protein, isoform F

M: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: RIM-binding protein, isoform F

N: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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3

C: RIM-binding protein, isoform F

O: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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4

D: RIM-binding protein, isoform F

P: JNK-interacting protein 1

登録者が定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
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5

E: RIM-binding protein, isoform F

Q: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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6

F: RIM-binding protein, isoform F

R: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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7

G: RIM-binding protein, isoform F

S: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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8

H: RIM-binding protein, isoform F

T: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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9

I: RIM-binding protein, isoform F

U: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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10

J: RIM-binding protein, isoform F

V: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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11

K: RIM-binding protein, isoform F

W: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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12

L: RIM-binding protein, isoform F

X: JNK-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.280, 62.420, 163.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	1318 - 1381	9 - 72
2	1	ARG	ARG	VAL	VAL	B	B	1318 - 1381	9 - 72
1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	1318 - 1380	9 - 71
2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	C	C	1318 - 1380	9 - 71
1	3	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	1318 - 1381	9 - 72
2	3	ARG	ARG	VAL	VAL	D	D	1318 - 1381	9 - 72
1	4	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	1319 - 1380	10 - 71
2	4	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
1	5	ARG	ARG	SER	SER	A	A	1318 - 1379	9 - 70
2	5	ARG	ARG	SER	SER	F	F	1318 - 1379	9 - 70
1	6	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	1318 - 1380	9 - 71
2	6	ARG	ARG	GLU	GLU	G	G	1318 - 1380	9 - 71
1	7	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	1318 - 1381	9 - 72
2	7	ARG	ARG	VAL	VAL	H	H	1318 - 1381	9 - 72
1	8	ARG	ARG	VAL	VAL	A	A	1318 - 1381	9 - 72
2	8	ARG	ARG	VAL	VAL	I	I	1318 - 1381	9 - 72
1	9	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	1318 - 1380	9 - 71
2	9	ARG	ARG	GLU	GLU	J	J	1318 - 1380	9 - 71
1	10	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	1318 - 1380	9 - 71
2	10	ARG	ARG	GLU	GLU	K	K	1318 - 1380	9 - 71
1	11	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	1318 - 1380	9 - 71
2	11	ARG	ARG	GLU	GLU	L	L	1318 - 1380	9 - 71
1	12	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	1317 - 1380	8 - 71
2	12	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
1	13	PHE	PHE	VAL	VAL	B	B	1317 - 1381	8 - 72
2	13	PHE	PHE	VAL	VAL	D	D	1317 - 1381	8 - 72
1	14	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	1319 - 1380	10 - 71
2	14	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
1	15	PHE	PHE	SER	SER	B	B	1317 - 1379	8 - 70
2	15	PHE	PHE	SER	SER	F	F	1317 - 1379	8 - 70
1	16	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	1317 - 1380	8 - 71
2	16	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	1317 - 1380	8 - 71
1	17	PHE	PHE	VAL	VAL	B	B	1317 - 1381	8 - 72
2	17	PHE	PHE	VAL	VAL	H	H	1317 - 1381	8 - 72
1	18	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	1317 - 1382	8 - 73
2	18	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	1317 - 1382	8 - 73
1	19	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	1317 - 1380	8 - 71
2	19	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	1317 - 1380	8 - 71
1	20	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	1317 - 1380	8 - 71
2	20	PHE	PHE	GLU	GLU	K	K	1317 - 1380	8 - 71
1	21	PHE	PHE	GLU	GLU	B	B	1317 - 1380	8 - 71
2	21	PHE	PHE	GLU	GLU	L	L	1317 - 1380	8 - 71
1	22	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	22	PHE	PHE	GLU	GLU	D	D	1317 - 1380	8 - 71
1	23	TYR	TYR	GLU	GLU	C	C	1319 - 1380	10 - 71
2	23	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
1	24	PHE	PHE	SER	SER	C	C	1317 - 1379	8 - 70
2	24	PHE	PHE	SER	SER	F	F	1317 - 1379	8 - 70
1	25	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	25	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	1317 - 1380	8 - 71
1	26	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	26	PHE	PHE	GLU	GLU	H	H	1317 - 1380	8 - 71
1	27	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	27	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	1317 - 1380	8 - 71
1	28	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	28	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	1317 - 1380	8 - 71
1	29	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	29	PHE	PHE	GLU	GLU	K	K	1317 - 1380	8 - 71
1	30	PHE	PHE	GLU	GLU	C	C	1317 - 1380	8 - 71
2	30	PHE	PHE	GLU	GLU	L	L	1317 - 1380	8 - 71
1	31	TYR	TYR	GLU	GLU	D	D	1319 - 1380	10 - 71
2	31	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
1	32	SER	SER	SER	SER	D	D	1314 - 1379	5 - 70
2	32	SER	SER	SER	SER	F	F	1314 - 1379	5 - 70
1	33	PRO	PRO	GLU	GLU	D	D	1315 - 1380	6 - 71
2	33	PRO	PRO	GLU	GLU	G	G	1315 - 1380	6 - 71
1	34	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	1313 - 1382	4 - 73
2	34	GLY	GLY	GLU	GLU	H	H	1313 - 1382	4 - 73
1	35	PHE	PHE	VAL	VAL	D	D	1317 - 1381	8 - 72
2	35	PHE	PHE	VAL	VAL	I	I	1317 - 1381	8 - 72
1	36	SER	SER	GLU	GLU	D	D	1314 - 1380	5 - 71
2	36	SER	SER	GLU	GLU	J	J	1314 - 1380	5 - 71
1	37	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	1316 - 1380	7 - 71
2	37	GLU	GLU	GLU	GLU	K	K	1316 - 1380	7 - 71
1	38	SER	SER	GLU	GLU	D	D	1314 - 1380	5 - 71
2	38	SER	SER	GLU	GLU	L	L	1314 - 1380	5 - 71
1	39	TYR	TYR	SER	SER	E	E	1319 - 1379	10 - 70
2	39	TYR	TYR	SER	SER	F	F	1319 - 1379	10 - 70
1	40	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
2	40	TYR	TYR	GLU	GLU	G	G	1319 - 1380	10 - 71
1	41	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
2	41	TYR	TYR	GLU	GLU	H	H	1319 - 1380	10 - 71
1	42	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
2	42	TYR	TYR	GLU	GLU	I	I	1319 - 1380	10 - 71
1	43	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
2	43	TYR	TYR	GLU	GLU	J	J	1319 - 1380	10 - 71
1	44	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
2	44	TYR	TYR	GLU	GLU	K	K	1319 - 1380	10 - 71
1	45	TYR	TYR	GLU	GLU	E	E	1319 - 1380	10 - 71
2	45	TYR	TYR	GLU	GLU	L	L	1319 - 1380	10 - 71
1	46	PRO	PRO	SER	SER	F	F	1315 - 1379	6 - 70
2	46	PRO	PRO	SER	SER	G	G	1315 - 1379	6 - 70
1	47	SER	SER	SER	SER	F	F	1314 - 1379	5 - 70
2	47	SER	SER	SER	SER	H	H	1314 - 1379	5 - 70
1	48	PHE	PHE	SER	SER	F	F	1317 - 1379	8 - 70
2	48	PHE	PHE	SER	SER	I	I	1317 - 1379	8 - 70
1	49	SER	SER	SER	SER	F	F	1314 - 1379	5 - 70
2	49	SER	SER	SER	SER	J	J	1314 - 1379	5 - 70
1	50	GLU	GLU	SER	SER	F	F	1316 - 1379	7 - 70
2	50	GLU	GLU	SER	SER	K	K	1316 - 1379	7 - 70
1	51	SER	SER	SER	SER	F	F	1314 - 1379	5 - 70
2	51	SER	SER	SER	SER	L	L	1314 - 1379	5 - 70
1	52	PRO	PRO	GLU	GLU	G	G	1315 - 1380	6 - 71
2	52	PRO	PRO	GLU	GLU	H	H	1315 - 1380	6 - 71
1	53	PHE	PHE	GLU	GLU	G	G	1317 - 1380	8 - 71
2	53	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	1317 - 1380	8 - 71
1	54	PRO	PRO	GLU	GLU	G	G	1315 - 1380	6 - 71
2	54	PRO	PRO	GLU	GLU	J	J	1315 - 1380	6 - 71
1	55	GLU	GLU	GLU	GLU	G	G	1316 - 1380	7 - 71
2	55	GLU	GLU	GLU	GLU	K	K	1316 - 1380	7 - 71
1	56	PRO	PRO	GLU	GLU	G	G	1315 - 1380	6 - 71
2	56	PRO	PRO	GLU	GLU	L	L	1315 - 1380	6 - 71
1	57	PHE	PHE	VAL	VAL	H	H	1317 - 1381	8 - 72
2	57	PHE	PHE	VAL	VAL	I	I	1317 - 1381	8 - 72
1	58	SER	SER	GLU	GLU	H	H	1314 - 1380	5 - 71
2	58	SER	SER	GLU	GLU	J	J	1314 - 1380	5 - 71
1	59	GLU	GLU	GLU	GLU	H	H	1316 - 1380	7 - 71
2	59	GLU	GLU	GLU	GLU	K	K	1316 - 1380	7 - 71
1	60	SER	SER	GLU	GLU	H	H	1314 - 1380	5 - 71
2	60	SER	SER	GLU	GLU	L	L	1314 - 1380	5 - 71
1	61	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	1317 - 1380	8 - 71
2	61	PHE	PHE	GLU	GLU	J	J	1317 - 1380	8 - 71
1	62	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	1317 - 1380	8 - 71
2	62	PHE	PHE	GLU	GLU	K	K	1317 - 1380	8 - 71
1	63	PHE	PHE	GLU	GLU	I	I	1317 - 1380	8 - 71
2	63	PHE	PHE	GLU	GLU	L	L	1317 - 1380	8 - 71
1	64	GLU	GLU	GLU	GLU	J	J	1316 - 1380	7 - 71
2	64	GLU	GLU	GLU	GLU	K	K	1316 - 1380	7 - 71
1	65	SER	SER	VAL	VAL	J	J	1314 - 1381	5 - 72
2	65	SER	SER	VAL	VAL	L	L	1314 - 1381	5 - 72
1	66	GLU	GLU	GLU	GLU	K	K	1316 - 1380	7 - 71
2	66	GLU	GLU	GLU	GLU	L	L	1316 - 1380	7 - 71
1	67	ARG	ARG	LYS	LYS	M	M	153 - 163	6 - 16
2	67	ARG	ARG	LYS	LYS	Q	Q	153 - 163	6 - 16
1	68	ARG	ARG	LYS	LYS	M	M	153 - 163	6 - 16
2	68	ARG	ARG	LYS	LYS	S	S	153 - 163	6 - 16
1	69	ARG	ARG	LYS	LYS	M	M	153 - 163	6 - 16
2	69	ARG	ARG	LYS	LYS	U	U	153 - 163	6 - 16
1	70	ARG	ARG	LYS	LYS	M	M	153 - 163	6 - 16
2	70	ARG	ARG	LYS	LYS	W	W	153 - 163	6 - 16
1	71	ARG	ARG	NH2	NH2	Q	Q	151 - 164	4 - 17
2	71	ARG	ARG	NH2	NH2	S	S	151 - 164	4 - 17
1	72	ARG	ARG	LYS	LYS	Q	Q	152 - 163	5 - 16
2	72	ARG	ARG	LYS	LYS	U	U	152 - 163	5 - 16
1	73	ARG	ARG	LYS	LYS	Q	Q	152 - 163	5 - 16
2	73	ARG	ARG	LYS	LYS	W	W	152 - 163	5 - 16
1	74	ARG	ARG	LYS	LYS	S	S	152 - 163	5 - 16
2	74	ARG	ARG	LYS	LYS	U	U	152 - 163	5 - 16
1	75	ARG	ARG	LYS	LYS	S	S	152 - 163	5 - 16
2	75	ARG	ARG	LYS	LYS	W	W	152 - 163	5 - 16
1	76	ARG	ARG	NH2	NH2	U	U	152 - 164	5 - 17
2	76	ARG	ARG	NH2	NH2	W	W	152 - 164	5 - 17

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	RIM-binding protein, isoform F 分子量: 8277.036 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 1318-1382 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Rbp, Dmel_CG43073 / プラスミド: pGex6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B4JDC9
#2: タンパク質・ペプチド	JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / APP-like-interacting protein 1 / APLIP1 / Protein eye developmental SP512 分子量: 1952.421 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 149-163 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-terminal acetylation, C-terminal amidation 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q9W0K0
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 100 mM Bicine, 2.2-2.6 M Ammoniumsulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月19日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.135
1	1	-1/2H-3/2K, -1/2H+1/2K, -L	2	0.126
1	1	-1/2H+3/2K, 1/2H+1/2K, -L	3	0.146
1	1	1/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -L	4	0.193
1	1	1/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -L	5	0.182
1	1	-h,-k,l	6	0.218

反射

解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 64269 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度: 2.09→2.19 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2CSQ

2csq

解像度: 2.09→45.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.475 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23642	3011	4.7 %	Rfree reflections was generated in P622 and then expanded to C2 to insure equal distribution of the Rfree reflections in all six twin domains
R_work	0.20881	-	-	-
obs	0.21005	61256	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.754 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.96 Å²	0 Å²	1.93 Å²
2-	-	12.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→45.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7447	0	55	57	7559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	7719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	6849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.974	10418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.345	3	15886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.711	5	889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.386	23.605	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.63	15	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.149	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.791	2.401	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.791	2.401	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.359	3.597	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.359	3.597	4499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.661	2.474	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.64	2.457	4048
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.044	3.654	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.587	18.807	8127
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.579	18.802	8123
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3255	0.1
1	2	B	3255	0.1
2	1	A	3268	0.09
2	2	C	3268	0.09
3	1	A	3391	0.07
3	2	D	3391	0.07
4	1	A	3240	0.06
4	2	E	3240	0.06
5	1	A	3212	0.08
5	2	F	3212	0.08
6	1	A	3269	0.08
6	2	G	3269	0.08
7	1	A	3341	0.07
7	2	H	3341	0.07
8	1	A	3338	0.08
8	2	I	3338	0.08
9	1	A	3274	0.07
9	2	J	3274	0.07
10	1	A	3292	0.07
10	2	K	3292	0.07
11	1	A	3311	0.07
11	2	L	3311	0.07
12	1	B	3233	0.11
12	2	C	3233	0.11
13	1	B	3364	0.08
13	2	D	3364	0.08
14	1	B	3121	0.08
14	2	E	3121	0.08
15	1	B	3226	0.09
15	2	F	3226	0.09
16	1	B	3212	0.1
16	2	G	3212	0.1
17	1	B	3390	0.08
17	2	H	3390	0.08
18	1	B	3352	0.09
18	2	I	3352	0.09
19	1	B	3270	0.09
19	2	J	3270	0.09
20	1	B	3259	0.08
20	2	K	3259	0.08
21	1	B	3303	0.08
21	2	L	3303	0.08
22	1	C	3382	0.08
22	2	D	3382	0.08
23	1	C	3226	0.07
23	2	E	3226	0.07
24	1	C	3231	0.1
24	2	F	3231	0.1
25	1	C	3315	0.1
25	2	G	3315	0.1
26	1	C	3290	0.09
26	2	H	3290	0.09
27	1	C	3383	0.08
27	2	I	3383	0.08
28	1	C	3306	0.08
28	2	J	3306	0.08
29	1	C	3366	0.08
29	2	K	3366	0.08
30	1	C	3356	0.09
30	2	L	3356	0.09
31	1	D	3237	0.05
31	2	E	3237	0.05
32	1	D	3414	0.07
32	2	F	3414	0.07
33	1	D	3427	0.07
33	2	G	3427	0.07
34	1	D	3605	0.08
34	2	H	3605	0.08
35	1	D	3482	0.05
35	2	I	3482	0.05
36	1	D	3490	0.05
36	2	J	3490	0.05
37	1	D	3431	0.06
37	2	K	3431	0.06
38	1	D	3538	0.04
38	2	L	3538	0.04
39	1	E	3147	0.06
39	2	F	3147	0.06
40	1	E	3202	0.06
40	2	G	3202	0.06
41	1	E	3203	0.06
41	2	H	3203	0.06
42	1	E	3208	0.06
42	2	I	3208	0.06
43	1	E	3219	0.06
43	2	J	3219	0.06
44	1	E	3234	0.05
44	2	K	3234	0.05
45	1	E	3235	0.05
45	2	L	3235	0.05
46	1	F	3286	0.09
46	2	G	3286	0.09
47	1	F	3398	0.06
47	2	H	3398	0.06
48	1	F	3282	0.07
48	2	I	3282	0.07
49	1	F	3429	0.07
49	2	J	3429	0.07
50	1	F	3283	0.08
50	2	K	3283	0.08
51	1	F	3421	0.06
51	2	L	3421	0.06
52	1	G	3348	0.09
52	2	H	3348	0.09
53	1	G	3329	0.07
53	2	I	3329	0.07
54	1	G	3366	0.08
54	2	J	3366	0.08
55	1	G	3358	0.08
55	2	K	3358	0.08
56	1	G	3396	0.08
56	2	L	3396	0.08
57	1	H	3385	0.07
57	2	I	3385	0.07
58	1	H	3445	0.08
58	2	J	3445	0.08
59	1	H	3340	0.08
59	2	K	3340	0.08
60	1	H	3476	0.06
60	2	L	3476	0.06
61	1	I	3352	0.05
61	2	J	3352	0.05
62	1	I	3386	0.05
62	2	K	3386	0.05
63	1	I	3409	0.05
63	2	L	3409	0.05
64	1	J	3379	0.07
64	2	K	3379	0.07
65	1	J	3534	0.07
65	2	L	3534	0.07
66	1	K	3404	0.06
66	2	L	3404	0.06
67	1	M	519	0.19
67	2	Q	519	0.19
68	1	M	529	0.19
68	2	S	529	0.19
69	1	M	526	0.17
69	2	U	526	0.17
70	1	M	534	0.18
70	2	W	534	0.18
71	1	Q	629	0.21
71	2	S	629	0.21
72	1	Q	586	0.16
72	2	U	586	0.16
73	1	Q	580	0.19
73	2	W	580	0.19
74	1	S	546	0.23
74	2	U	546	0.23
75	1	S	568	0.18
75	2	W	568	0.18
76	1	U	587	0.19
76	2	W	587	0.19

LS精密化シェル

解像度: 2.088→2.142 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	180	-
R_work	0.314	3710	-
obs	-	-	81.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8066	-0.8015	-0.7247	3.7443	-0.0412	2.026	-0.0398	-0.0148	0.053	-0.0108	-0.0846	-0.2733	-0.2047	0.0038	0.1244	0.0956	-0.0138	-0.0964	0.1676	0.0202	0.1744	-15.0269	-1.6782	-42.5995
2	1.6359	0.6222	0.0341	2.0406	0.0825	1.2325	-0.1134	-0.1557	-0.273	0.1171	0.1285	-0.1671	-0.1353	-0.0387	-0.0151	0.0441	0.0173	-0.0204	0.1895	0.0246	0.2867	-7.1617	-21.4534	-35.0444
3	1.9945	0.5329	-0.0983	0.5212	0.2976	2.4246	0.0061	-0.0443	0.2227	0.0077	0.0255	0.0833	0.077	0.0248	-0.0316	0.0499	-0.0296	-0.0688	0.1697	-0.0018	0.2524	7.0165	-14.2673	-66.1474
4	0.2497	0.169	-0.1077	0.9647	0.6017	3.163	0.0796	0.0012	-0.0089	0.078	0.0055	0.0396	0.0297	0.1064	-0.0851	0.0469	0.0137	-0.0714	0.1956	-0.0167	0.2399	-14.1562	-17.7024	-74.3134
5	2.3833	-2.242	-0.1317	2.3901	0.4838	2.4186	-0.1177	-0.1704	0.1358	0.2219	0.08	-0.3398	-0.0724	0.0705	0.0377	0.0807	-0.0032	-0.139	0.2499	0.006	0.2454	-9.925	-12.8072	-11.1821
6	0.9074	-0.3021	-0.2793	2.3566	0.0261	3.6904	0.0907	-0.1894	0.1578	-0.1342	0.0477	0.1033	-0.0616	-0.0039	-0.1384	0.077	-0.0053	-0.0921	0.1453	-0.0411	0.2056	-22.5015	3.4984	-19.2653
7	3.4862	-0.4671	-1.0449	1.1861	0.2517	1.993	0.0783	-0.0254	-0.0535	0.2234	-0.0483	0.2121	-0.0268	-0.092	-0.03	0.0733	0.0129	-0.0144	0.1952	-0.0087	0.2197	9.1606	12.2695	-11.746
8	1.9245	-0.8841	-1.3286	0.9036	-0.4073	3.1066	0.0524	-0.1283	-0.0799	-0.0555	0.0461	0.0477	0.0057	0.061	-0.0985	0.088	-0.0052	-0.0794	0.1575	0.0436	0.2588	23.1886	-4.0841	-20.699
9	1.9661	-0.4301	0.1477	0.5706	-0.6853	0.9448	0.028	0.0095	-0.173	0.0492	0.005	-0.0087	-0.0235	-0.0408	-0.0331	0.085	-0.0643	-0.0993	0.2006	-0.0026	0.2239	-5.6102	14.4468	-65.9702
10	1.473	-0.0519	-0.1513	1.2452	0.1017	2.1203	0.2316	-0.0077	0.1121	-0.1045	-0.0701	-0.0282	0.0593	-0.1428	-0.1616	0.0891	0.0093	-0.08	0.221	0.0144	0.2308	15.2745	17.9359	-75.0294
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19	1.8698	1.1293	-2.8064	1.6347	-2.625	5.1225	-0.0391	-0.3032	0.058	-0.0126	0.0084	-0.0762	0.05	0.2847	0.0307	0.1644	0.0092	-0.067	0.1756	-0.0154	0.1444	18.2599	18.741	-6.0808
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21	2.7769	-1.4299	-0.0779	7.0294	-5.5631	4.9919	0.2876	-0.2164	0.0648	0.7318	0.0879	0.3868	-0.7885	0.0416	-0.3755	0.2292	-0.0032	-0.035	0.1956	-0.0362	0.1598	-7.6179	26.2494	-61.4544
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23	1.5131	2.1068	2.025	3.4249	3.6563	4.1354	0.0196	0.1878	0.0936	-0.226	0.2535	-0.0992	-0.4028	0.2427	-0.2731	0.1549	-0.0201	0.057	0.2666	0.0577	0.281	27.1785	6.1888	-47.6818
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46	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1042	0	0	0.1042	0	0.1042	0	0	0
47	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1042	0	0	0.1042	0	0.1042	0	0	0
48	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1042	0	0	0.1042	0	0.1042	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1318 - 1382
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1317 - 1382
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1317 - 1381
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1313 - 1382
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1319 - 1381
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1314 - 1380
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1315 - 1381
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1313 - 1382
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1317 - 1382
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1314 - 1381
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1316 - 1381
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1314 - 1381
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	153 - 164
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	155 - 159
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	154 - 164
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	152 - 159
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	151 - 164
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	153 - 159
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	151 - 164
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	152 - 156
21	X-RAY DIFFRACTION	21	U	152 - 164
22	X-RAY DIFFRACTION	22	V	152 - 158
23	X-RAY DIFFRACTION	23	W	152 - 164
24	X-RAY DIFFRACTION	24	X	152 - 158
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	1318 - 1382
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	1317 - 1382
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	1317 - 1381
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	1313 - 1382
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	1319 - 1381
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	1314 - 1380
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	1315 - 1381
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	1313 - 1382
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	1317 - 1382
34	X-RAY DIFFRACTION	34	J	1314 - 1381
35	X-RAY DIFFRACTION	35	K	1316 - 1381
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	1314 - 1381
37	X-RAY DIFFRACTION	37	M	153 - 164
38	X-RAY DIFFRACTION	38	N	155 - 159
39	X-RAY DIFFRACTION	39	O	154 - 164
40	X-RAY DIFFRACTION	40	P	152 - 159
41	X-RAY DIFFRACTION	41	Q	151 - 164
42	X-RAY DIFFRACTION	42	R	153 - 159
43	X-RAY DIFFRACTION	43	S	151 - 164
44	X-RAY DIFFRACTION	44	T	152 - 156
45	X-RAY DIFFRACTION	45	U	152 - 164
46	X-RAY DIFFRACTION	46	V	152 - 158
47	X-RAY DIFFRACTION	47	W	152 - 164
48	X-RAY DIFFRACTION	48	X	152 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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