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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z5d | ||||||
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タイトル | HipB-O4 21mer complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription/DNA / HTH motif / Transcription repressor / HipA sequestering / Transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxin-antitoxin complex / regulation of growth / DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Min, J. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Molecular mechanism on hipBA gene regulation. 著者: Min, J. / Wang, A. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z5d.cif.gz | 72.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z5d.ent.gz | 48.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/4z5d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4z58C 4z59C 4z5cC 4z5hC 4z52 4z56 4z57 4z5a 4z5b 4z5e 4z5f 4z5g 4z5i 4z5j 4z5k 4z5l 4z5m 4z5n 4z5o C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8060.239 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-74 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hipB, b1508, JW1501 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS-T1 / 参照: UniProt: P23873 #2: DNA鎖 | | 分子量: 6438.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 6124.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.02M MgCl2, 0.05M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.0, 5~30% 2-propanol, 0.001M Spermine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rigaku Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 22157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.05 / Net I/av σ(I): 44.633 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 157548 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4Z52 4z52 解像度: 2.15→47.027 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8872 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 18.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.57 Å2 / Biso mean: 26.0159 Å2 / Biso min: 10.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.15→47.027 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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