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- PDB-4z4t: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 75mM fucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z4t
タイトルCrystal structure of GII.10 P domain in complex with 75mM fucose
要素Capsid proteinカプシド
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / fucose (フコース) / norovirus (ノロウイルス) / protruding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / 硝酸塩 / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Norwalk virus (ノロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,10413
ポリマ－69,0132
非ポリマー1,09111
水12,538696
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.749, 78.850, 68.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYSchain AAA225 - 5382 - 315
2SERSERchain BBB224 - 5381 - 315

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein / カプシド / GII.10 norovirus capsid protruding domain


分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.798→43.42 Å / Num. obs: 63508 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04431 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 1.798→1.863 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1871 / Mean I/σ(I) obs: 5.97 / Rejects: 0 / % possible all: 96.05

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.12 Å43.42 Å
Translation7.12 Å43.42 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu


解像度: 1.8→43.419 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1737 3176 5 %
Rwork0.1478 60307 -
obs0.1491 63483 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.08 Å2 / Biso mean: 21.4483 Å2 / Biso min: 6.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→43.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4743 0 72 696 5511
Biso mean--24.47 31.15 -
残基数----623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1416812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4731740
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2766X-RAY DIFFRACTION8.253TORSIONAL
12B2766X-RAY DIFFRACTION8.253TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7984-1.82520.21861280.18532432256092
1.8252-1.85380.19891360.16682589272599
1.8538-1.88420.19331380.164626092747100
1.8842-1.91660.20891400.16626612801100
1.9166-1.95150.21831370.152526052742100
1.9515-1.9890.16491400.150626532793100
1.989-2.02960.18181390.14692649278899
2.0296-2.07380.20621380.156926192757100
2.0738-2.1220.1841390.15322641278099
2.122-2.17510.20011380.15342622276099
2.1751-2.23390.20011380.15422627276599
2.2339-2.29960.17351360.15082583271998
2.2996-2.37380.18211380.14982609274799
2.3738-2.45870.17621380.14932619275799
2.4587-2.55710.18341380.14792628276698
2.5571-2.67340.20451370.15352604274199
2.6734-2.81440.19211390.156326512790100
2.8144-2.99070.16321420.156826822824100
2.9907-3.22150.16391380.149426192757100
3.2215-3.54560.1881390.145626512790100
3.5456-4.05830.15281400.13782660280099
4.0583-5.11170.13321390.11722639277898
5.1117-43.43140.14051410.14692655279697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7095-0.1798-0.18071.42470.391.87-0.00820.0510.0488-0.10440.016-0.0097-0.14740.0487-0.00690.0991-0.0197-0.01240.08620.00920.08069.20268.832810.7617
21.26820.06710.03541.568-0.40832.2018-0.015-0.1190.10150.19570.0679-0.0135-0.2991-0.0532-0.01410.11080.01320.0010.0723-0.00920.08042.734111.740125.974
30.59190.0566-0.24921.1141-0.23781.1182-0.04690.1750.0711-0.21530.09760.1411-0.0641-0.1574-0.0390.1253-0.0115-0.0290.13720.01180.09320.89946.43226.5846
42.07820.218-0.27030.6548-0.09432.3835-0.08370.2375-0.1584-0.34750.0887-0.12290.10840.2639-0.00040.2522-0.02660.04940.1821-0.02370.115815.7973-2.5884-6.1445
51.83340.4916-0.13531.3776-0.05170.68680.00570.0693-0.06440.01310.0133-0.23980.0440.0998-0.01530.07580.0082-0.01270.0907-0.00120.11122.3601-6.022322.0509
61.3782-0.16180.30581.2715-0.08760.77810.0263-0.1061-0.21060.09050.0262-0.01560.124-0.0403-0.04060.1127-0.0129-0.01360.09070.01710.110.9182-11.07728.4164
72.3602-0.09940.21670.9350.3472.19970.03770.17750.0066-0.10950.0352-0.4392-0.11650.271-0.04260.1158-0.01720.03840.1641-0.01710.266836.64260.916819.6713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 225 through 327 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 328 through 390 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 391 through 455 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 456 through 538 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 225 through 295 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 296 through 455 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 456 through 538 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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