PDB-4z4r: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 300mM fucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z4r

タイトル

Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 300mM fucose

要素

Capsid protein

カプシド

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

fucose (フコース) /

norovirus (ノロウイルス) / protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein /

Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus GII.10 (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: The sweet quartet: Binding of fucose to the norovirus capsid.
著者: Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Bowler, M.W. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z4r.cif.gz	269.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z4r.ent.gz	215.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z4sC 4z4tC 4z4uC 4z4vC 4z4wC 4z4yC 4z4zC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bsx-d 4z4z-d 3q6r-d 5bsy-d 3q6q-d 4z4t-d 3q38-d 3q3a-d 4z4w-d 4z4u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.104, 78.938, 68.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	LYS	LYS	chain A	A	A	225 - 538	2 - 315
2	SER	SER	chain B	B	B	224 - 538	1 - 315

#1: タンパク質

Capsid protein /

カプシド

分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: Protruding domain, UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus GII.10 (ノロウイルス)
プラスミド: pMBP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5

#2: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル /

エチレングリコール

分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#3: 糖

ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス /

フコース

タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.984463 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月20日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984463 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.801→43.44 Å / Num. obs: 64070 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.0396 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.801→1.866 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.1711 / Mean I/σ(I) obs: 6.59 / Rejects: 0 / % possible all: 95.78

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.16 Å	43.43 Å
Translation	7.16 Å	43.43 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.801→43.435 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 15.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1731	6115	5 %
R_work	0.1397	116267	-
obs	0.1413	64050	96.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.91 Å² / B_iso mean: 20.273 Å² / B_iso min: 5.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→43.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4810	0	64	733	5607
B_iso mean	-	-	18.67	30.67	-
残基数	-	-	-	-	629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5103
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.433	7006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	925
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.373	1805

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2846	X-RAY DIFFRACTION	8.778	TORSIONAL
1	2	B	2846	X-RAY DIFFRACTION	8.778	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8015-1.822	0.2115	177	0.1837	3415	3592	86
1.822-1.8434	0.2207	202	0.1677	3826	4028	94
1.8434-1.8659	0.2143	202	0.159	3795	3997	95
1.8659-1.8895	0.1923	208	0.1555	3850	4058	95
1.8895-1.9144	0.1931	205	0.1513	3856	4061	96
1.9144-1.9406	0.1851	210	0.152	3919	4129	97
1.9406-1.9683	0.204	203	0.1492	3886	4089	97
1.9683-1.9977	0.1997	205	0.1444	3908	4113	98
1.9977-2.0289	0.2074	214	0.1483	3983	4197	98
2.0289-2.0622	0.2135	208	0.154	3915	4123	97
2.0622-2.0977	0.1852	201	0.1411	3878	4079	97
2.0977-2.1359	0.1629	208	0.1458	3879	4087	97
2.1359-2.177	0.1773	197	0.1413	3807	4004	95
2.177-2.2214	0.1851	203	0.1442	3811	4014	95
2.2214-2.2697	0.1825	204	0.1343	3832	4036	97
2.2697-2.3225	0.1934	210	0.1369	3960	4170	98
2.3225-2.3806	0.1727	203	0.1393	3963	4166	98
2.3806-2.4449	0.1814	208	0.1378	3947	4155	98
2.4449-2.5169	0.1628	205	0.1395	3898	4103	98
2.5169-2.5981	0.1897	207	0.1392	3931	4138	98
2.5981-2.6909	0.1705	207	0.1417	3934	4141	98
2.6909-2.7986	0.1773	206	0.1431	3960	4166	98
2.7986-2.926	0.1789	201	0.1443	3877	4078	97
2.926-3.0802	0.1647	197	0.1424	3874	4071	96
3.0802-3.2731	0.1956	200	0.1435	3824	4024	95
3.2731-3.5258	0.1822	207	0.1451	3887	4094	98
3.5258-3.8804	0.1506	207	0.1284	3964	4171	98
3.8804-4.4414	0.1482	202	0.117	3892	4094	97
4.4414-5.5938	0.1199	205	0.117	3884	4089	97
5.5938-43.4474	0.1511	203	0.1438	3912	4115	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6746	-0.1547	-0.2597	1.2782	0.2655	1.7439	-0.0027	0.0558	0.0357	-0.0631	0.0065	0.0152	-0.0922	0.0555	-0.0032	0.0786	-0.0099	-0.0165	0.0773	0.0128	0.0742	8.4475	9.1204	10.9406
2	2.3466	-0.047	0.042	2.0505	0.0465	2.8063	0.0315	-0.4221	0.1666	0.3661	0.0214	-0.2273	-0.2475	0.1289	-0.0073	0.1605	-0.0097	-0.0228	0.1251	-0.0141	0.1086	9.4997	9.5683	35.1488
3	0.8377	0.2824	0.3914	1.3264	-0.1889	1.694	0.0041	-0.0782	0.119	0.1242	0.0755	0.0967	-0.2383	-0.1513	-0.0753	0.1096	0.0285	0.0231	0.0712	-0.0089	0.0913	-0.2496	13.7568	24.8812
4	0.5722	-0.0674	-0.2279	0.784	-0.1623	1.093	-0.0345	0.1415	0.0591	-0.1446	0.058	0.1098	-0.0759	-0.1284	-0.017	0.1016	-0.0048	-0.0201	0.1162	0.0057	0.0848	0.7947	6.8689	6.7014
5	2.459	0.3806	-0.0488	0.9478	0.155	1.9941	-0.0589	0.162	-0.1414	-0.2172	0.0585	-0.1193	0.1019	0.2256	-0.0101	0.1606	-0.0008	0.0248	0.1271	0.001	0.0903	15.3552	-1.8868	-3.7793
6	1.9183	0.1773	-0.1378	0.2354	-0.9082	3.671	0.0106	0.1173	-0.1089	-0.2711	0.0152	-0.0801	0.1613	0.1447	0.0693	0.2923	-0.0341	0.0617	0.216	-0.0373	0.1042	16.9052	-3.0853	-12.7502
7	1.7515	0.5274	0.0197	1.174	-0.1046	0.6307	0.038	0.0273	-0.0904	0.0516	-0.0065	-0.0582	0.0917	0.0665	-0.0199	0.0985	0.0119	-0.0168	0.0789	0.0003	0.0831	17.7647	-8.8608	23.1039
8	1.817	-0.3585	0.2569	0.9962	-0.1838	0.8701	0.006	-0.0629	-0.2252	0.045	0.0287	0.0668	0.1035	-0.0437	-0.0461	0.1006	-0.0159	-0.0026	0.0641	0.0166	0.0936	7.3622	-12.0908	27.612
9	2.1063	-0.1951	-0.5054	0.6258	0.07	0.9228	0.0365	0.0793	0.043	0.0001	0.002	-0.2305	-0.0376	0.1616	-0.0282	0.0872	-0.0063	-0.0103	0.1294	-0.0071	0.1594	34.1132	0.6124	22.4854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 332 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 333 through 354 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 355 through 390 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 391 through 455 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 456 through 520 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 521 through 538 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 224 through 318 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 319 through 426 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 427 through 538 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)