PDB-4yuc: Crystal Structure of CorB derivatized with S-(2-acetamidoethyl) 4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yuc

タイトル

Crystal Structure of CorB derivatized with S-(2-acetamidoethyl) 4-methyl-3-oxohexanethioate

要素

CorB

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Interconnecting Ketosynthase / thiolase superfamily / S-(2-acetamidoethyl) 4-methyl-3-oxohexanethioate

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Corallococcus coralloides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Zocher, G. / Vilstrup, J. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015
タイトル: Structural basis of head to head polyketide fusion by CorB.
著者: Zocher, G. / Vilstrup, J. / Heine, D. / Hallab, A. / Goralski, E. / Hertweck, C. / Stahl, M. / Schaberle, T.F. / Stehle, T.

履歴

登録	2015年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2024年5月8日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yuc.cif.gz	149.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yuc.ent.gz	117.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yuc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/4yuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/4yuc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yufC 5c1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ufa-2 6en6-2 4ufb-2 4ufb-1 5c1j-1 5ama-3 1j0b-8 2xyd-2 4aa1-d 2x97-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CorB

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CorB

ヘテロ分子

A: CorB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.850, 105.669, 104.918
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-793- HOH
2	1	A-815- HOH
3	1	A-820- HOH

#1: タンパク質	CorB 分子量: 36644.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corallococcus coralloides (バクテリア) 遺伝子: corB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7RK32
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 8% (w/v) PEG8000 and 34% (v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月27日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→50 Å / Num. obs: 84188 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 19.601 Å² / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.31→1.39 Å / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0027	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→48.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.645 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18746	1684	2 %	RANDOM
R_work	0.17469	-	-	-
obs	0.17495	82503	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.31→48.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2524	0	9	332	2865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.163	1.98	3657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.733	3	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.964	5	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.294	22.414	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.781	15	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.122	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.307→1.341 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	119	-
R_work	0.328	5818	-
obs	-	-	96.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.258	-1.1385	-0.7088	9.6528	3.939	2.4702	-0.001	0.0586	-0.1563	-0.315	-0.2196	0.3623	-0.0708	-0.1644	0.2205	0.0224	0.0103	-0.0007	0.0263	-0.008	0.0318	22.1136	41.3008	39.4604
2	7.8393	-0.3622	2.5642	3.6176	-0.1208	4.4648	-0.2445	0.1527	0.8817	-0.0563	0.0387	0.3078	-0.6406	-0.2191	0.2057	0.1555	0.0642	-0.0254	0.053	0.0191	0.2138	5.7873	68.6911	42.0633
3	1.8996	-1.1029	0.3111	1.6769	-0.0583	0.4837	-0.0835	-0.1469	0.1656	0.1111	0.0554	0.0158	-0.0979	-0.027	0.0281	0.0478	0.0084	0.001	0.0371	-0.0085	0.0294	23.1563	56.4113	45.5935
4	1.6633	0.728	-0.2161	1.7391	0.1096	1.0875	-0.0642	-0.0153	0.0717	0.0757	0.0764	0.0018	-0.1145	0.0831	-0.0122	0.0361	0.0095	-0.0008	0.0489	-0.0075	0.0132	35.1192	49.4646	38.5046
5	1.5891	-0.0235	-0.2716	0.4093	0.2751	1.2691	-0.0309	0.0834	0.0252	-0.0319	0.0122	0.0078	-0.0279	-0.0179	0.0187	0.0216	0	0.0017	0.0282	0.009	0.0037	26.6357	47.6862	35.464
6	2.3159	-0.1124	0.5844	0.059	-0.0614	1.6853	-0.0318	0.1023	0.3606	-0.0213	0.0968	0.0265	-0.1292	-0.3034	-0.065	0.0271	-0.0177	-0.0093	0.1887	0.1018	0.1207	20.2025	52.1956	19.7945
7	12.9436	5.0605	-0.1953	11.5667	1.4246	1.9131	0.3135	-0.466	1.0741	-0.2152	-0.2653	0.5047	-0.4288	-0.0809	-0.0482	0.2613	0.0756	-0.007	0.113	-0.0654	0.2497	24.0826	69.7751	19.8981
8	2.6986	-0.9021	0.7761	6.0826	-2.9036	3.1704	0.0307	0.1086	0.1534	-0.0098	0.1273	0.2923	0.0874	-0.3153	-0.158	0.0211	-0.0179	0.0038	0.1274	0.0005	0.0743	9.0007	44.9465	18.9951
9	1.2747	-0.1569	0.3172	1.1771	0.0464	1.3908	-0.026	-0.0168	-0.0787	-0.0201	0.0139	0.1687	0.066	-0.214	0.0122	0.0331	0.0005	0.0072	0.0652	-0.0002	0.0339	9.3038	46.3718	36.5279
10	0.6054	-0.2024	-0.1925	0.7251	-0.5371	1.8319	-0.0347	-0.0408	-0.0807	0.0324	0.0297	0.072	0.0857	-0.0869	0.0049	0.052	-0.0092	0.0131	0.0338	0.0012	0.0446	14.2849	39.915	34.5703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	73 - 104
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	105 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	185 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	211 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	228 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	251 - 307
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	308 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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