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Yorodumi- PDB-4yow: Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yow | ||||||
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Title | Crystal structure of a trimeric exonuclease PhoExo I from Pyrococcus horikoshii OT3 in complex with poly-dC | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / exonuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrococcus horikoshii (archaea) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Miyazono, K. / Ito, T. / Tanokura, M. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: Structural basis for substrate recognition and processive cleavage mechanisms of the trimeric exonuclease PhoExo I Authors: Miyazono, K. / Ishino, S. / Tsutsumi, K. / Ito, T. / Ishino, Y. / Tanokura, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yow.cif.gz | 296.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yow.ent.gz | 241.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yow.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/4yow | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4yorC 4yotC 4youC 4yovC 4yoxC 4yoyC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26219.281 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D80N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus horikoshii (archaea) / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta(DE3) / References: UniProt: A0A060P168 #2: DNA chain | Mass: 1979.315 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: MES, PEG6000, LiCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 25, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→75.051 Å / Num. all: 32549 / Num. obs: 32549 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 52.4 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.081 / Net I/av σ(I): 8.08 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 222012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.5→19.983 Å / FOM work R set: 0.7967 / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 160.05 Å2 / Biso mean: 69.59 Å2 / Biso min: 23.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→19.983 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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