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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ylq | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of a FVIIa-Trypsin Chimera (FT) in Complex with Soluble Tissue Factor | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / trypsin-fold / protein-protein complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide / response to thyroxine / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / positive regulation of interleukin-8 production / phospholipid binding / protein processing / cytokine-mediated signaling pathway / Golgi lumen / 概日リズム / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / 凝固・線溶系 / response to estradiol / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
Model details | A human-FVIIa Variant with the 170-loop swapped with that from human-Trypsin, and an additional ...A human-FVIIa Variant with the 170-loop swapped with that from human-Trypsin, and an additional replacement of Tyr170b with Phe | |||||||||
データ登録者 | Sorensen, A.B. / Svensson, L.A. / Gandhi, P.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Molecular Basis of Enhanced Activity in Factor VIIa-Trypsin Variants Conveys Insights into Tissue Factor-mediated Allosteric Regulation of Factor VIIa Activity. 著者: Sorensen, A.B. / Madsen, J.J. / Svensson, L.A. / Pedersen, A.A. / stergaard, H. / Overgaard, M.T. / Olsen, O.H. / Gandhi, P.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ylq.cif.gz | 386.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ylq.ent.gz | 317 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ylq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4ylq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4ylq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Coagulation factor ... , 2種, 2分子 LH
#1: タンパク質 | 分子量: 17487.076 Da / 分子数: 1 断片: BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA LIGHT CHAIN, UNP residues 61-212 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood血液 / 遺伝子: F7 / 器官: Kidney腎臓 / プラスミド: pQMCF-5 詳細 (発現宿主): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) 細胞株 (発現宿主): CHOEBNALT85 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27508.611 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-466 / Mutation: [169-175] LQQSRKVGDSPN - EASFPGK / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood血液 / 遺伝子: F7 / 器官: Kidney腎臓 / プラスミド: pQMCF-5 詳細 (発現宿主): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) 細胞株 (発現宿主): CHOEBNALT85 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa |
-タンパク質 , 1種, 1分子 T
#3: タンパク質 | 分子量: 24826.512 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood血液 / 遺伝子: F3 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: P13726 |
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-糖 , 2種, 2分子
#4: 多糖 | alpha-D-xylopyranose-(1-3)-alpha-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose |
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#6: 糖 | ChemComp-FUC / |
-非ポリマー , 5種, 608分子
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | ChemComp-TMA / #8: 化合物 | ChemComp-0Z7 / | 分子量: 546.081 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-466 / Mutation: [169-175] LQQSRKVGDSPN - EASFPGK / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H38ClN6O4 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood血液 / 遺伝子: F7 / 器官: Kidney腎臓 / プラスミド: pQMCF-5 詳細 (発現宿主): Cells were licensed from Icosagen (Estonia) 細胞株 (発現宿主): CHOEBNALT85 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: coagulation factor VIIa #9: 化合物 | ChemComp-POL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % / 解説: Elongated hexgonal prisms |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M NaCitrate, 16.6% PEG 3350, 12.5% 1-Propanol, with seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月18日 詳細: Rh-coated Si mirrors: M1 collimating mirror, M2 toroidal focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→33.57 Å / Num. all: 138932 / Num. obs: 138932 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 15.27 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 14.07 / Num. measured all: 1011012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: In-House FVIIa-WT:sTF-FFR similar to 1DAN 解像度: 1.4→34.253 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.64 Å2 / Biso mean: 26.4558 Å2 / Biso min: 7.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→34.253 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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