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- PDB-4ylj: Crystal structure of DYRK1A in complex with 10-Iodo-substituted 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ylj
タイトルCrystal structure of DYRK1A in complex with 10-Iodo-substituted 11H-indolo[3,2-c]quinoline-6-carboxylic acid inhibitor 5j
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1ADYRK1A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / halogen / inhibitor (酵素阻害剤) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / 概日リズム / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / 細胞骨格 / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 樹状突起 / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4E1 / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Falke, H. / Nowak, R. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Kunick, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: 10-Iodo-11H-indolo[3,2-c]quinoline-6-carboxylic Acids Are Selective Inhibitors of DYRK1A.
著者: Falke, H. / Chaikuad, A. / Becker, A. / Loaec, N. / Lozach, O. / Abu Jhaisha, S. / Becker, W. / Jones, P.G. / Preu, L. / Baumann, K. / Knapp, S. / Meijer, L. / Kunick, C.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,19925
ポリマ－168,3264
非ポリマー3,87321
水4,450247
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0506
ポリマ－42,0821
非ポリマー9695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4379
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,3558
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7604
ポリマ－42,0821
非ポリマー6783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9526
ポリマ－42,0821
非ポリマー8715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)265.472, 65.528, 139.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA135 - 48011 - 356
21VALVALBB135 - 48011 - 356
12VALVALAA135 - 48111 - 357
22VALVALCC135 - 48111 - 357
13VALVALAA135 - 48011 - 356
23VALVALDD135 - 48011 - 356
14VALVALBB135 - 48011 - 356
24VALVALCC135 - 48011 - 356
15LYSLYSBB134 - 48110 - 357
25LYSLYSDD134 - 48110 - 357
16VALVALCC135 - 48011 - 356
26VALVALDD135 - 48011 - 356

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / DYRK1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 127-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-4E1 / 10-iodo-11H-indolo[3,2-c]quinoline-6-carboxylic acid / 10-ヨ-ド-11H-インドロ[3,2-c]キノリン-6-カルボン酸


分子量: 388.159 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H9IN2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 37% PEG400, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→48.41 Å / Num. obs: 68848 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 56.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.58→2.72 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2WO6

2wo6


解像度: 2.58→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 21.661 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22203 3484 5.1 %RANDOM
Rwork0.1919 ---
obs0.19343 65362 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å2-0.54 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---0.96 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.396 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.58→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11342 0 222 247 11811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01912032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0211449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4122.00116256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853326342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21651410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78523.812564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.744152132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0011578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0344.2515580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0344.2525581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7996.3726974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7996.3736975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7124.7936452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7124.7946453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7297.029271
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.55237.85214269
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.55137.85614270
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A226270.05
12B226270.05
21A227660.03
22C227660.03
31A227420.04
32D227420.04
41B226050.05
42C226050.05
51B226180.05
52D226180.05
61C227960.03
62D227960.03
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 250 -
Rwork0.346 4811 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9091-0.2046-0.02282.81870.96762.23690.0955-0.34910.01570.03230.2481-0.3551-0.31330.3425-0.34360.463-0.2130.00910.3431-0.10770.091111.667815.977932.1577
20.83160.17750.06070.50510.09941.00150.1893-0.0191-0.03570.169-0.07030.056-0.0127-0.0371-0.1190.4124-0.04910.00790.25460.01290.1287-5.99844.832515.4129
32.8323-0.44191.71021.3775-0.63631.16830.26990.1222-0.4328-0.1408-0.01470.08340.1493-0.0419-0.25520.27090.0517-0.01270.4939-0.09450.0928-49.0043-16.3372-7.2712
42.3638-0.18810.23721.80250.15970.84580.2467-0.17180.01510.2457-0.1824-0.1109-0.0089-0.1486-0.06430.3152-0.09010.0240.38210.02040.1325-32.9482-5.966712.5669
50.8865-0.6776-0.32481.22041.31653.67720.023-0.19680.1297-0.53040.2566-0.3021-1.1889-0.4008-0.27961.1281-0.0460.08280.2847-0.07930.08490.7053-23.226545.0432
60.2371-0.48980.56541.2996-0.68445.1132-0.0278-0.18690.0742-0.1692-0.0113-0.1866-0.5511-1.48990.03910.48450.16680.01640.8546-0.05810.0584-11.5816-25.692369.3599
72.5180.64780.07231.11810.65031.46380.20520.4419-0.20820.17710.0239-0.1026-0.0696-0.0081-0.22910.2824-0.0413-0.06140.53660.14380.137-61.1857-29.708717.3648
80.74740.19670.82861.51820.20333.5742-0.10810.03210.08490.3040.15430.1961-0.6278-0.4102-0.04610.41410.11040.11170.35230.18880.1329-68.9957-14.058541.1826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A135 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2A220 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3B134 - 313
4X-RAY DIFFRACTION4B314 - 481
5X-RAY DIFFRACTION5C135 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6C314 - 481
7X-RAY DIFFRACTION7D134 - 243
8X-RAY DIFFRACTION8D244 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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