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万見
- PDB-4yk5: Crystal Structures of mPGES-1 Inhibitor Complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yk5
タイトルCrystal Structures of mPGES-1 Inhibitor Complexes
要素Prostaglandin E synthase
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Inflammation (炎症) / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fever generation / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...regulation of fever generation / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / nuclear envelope lumen / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / sensory perception of pain / regulation of inflammatory response / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4DV / グルタチオン / hexyl beta-D-glucopyranoside / Prostaglandin E synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Luz, J.G. / Antonysamy, S. / Kuklish, S.L. / Fisher, M.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of mPGES-1 Inhibitor Complexes Form a Basis for the Rational Design of Potent Analgesic and Anti-Inflammatory Therapeutics.
著者: Luz, J.G. / Antonysamy, S. / Kuklish, S.L. / Condon, B. / Lee, M.R. / Allison, D. / Yu, X.P. / Chandrasekhar, S. / Backer, R. / Zhang, A. / Russell, M. / Chang, S.S. / Harvey, A. / Sloan, A.V. / Fisher, M.J.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9687
ポリマ－17,2491
非ポリマー1,7186
水2,630146
1
A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子

A: Prostaglandin E synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,90421
ポリマ－51,7483
非ポリマー5,15518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area14550 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.600, 76.600, 123.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-343-

HOH

21A-364-

HOH

31A-393-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Prostaglandin E synthase / / Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / ...Microsomal glutathione S-transferase 1-like 1 / MGST1-L1 / Microsomal prostaglandin E synthase 1 / MPGES-1 / p53-induced gene 12 protein


分子量: 17249.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGES, MGST1L1, MPGES1, PGES, PIG12
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14684, prostaglandin-E synthase

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糖 , 2種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-JZR / hexyl beta-D-glucopyranoside / hexyl beta-D-glucoside / hexyl D-glucoside / hexyl glucoside / ヘキシルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H24O6
#6: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 150分子

#2: 化合物 ChemComp-4DV / 3-[1-(4-chlorobenzyl)-5-(2-fluoro-2'-methylbiphenyl-4-yl)-3-methyl-1H-indol-2-yl]-2,2-dimethylpropanoic acid / α,α,3-トリメチル-1-(4-クロロベンジル)-5-(2-フルオロ-2′-メチル-4-ビフェニリル)-1H-インド(以下略)


分子量: 540.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H31ClFNO2
#3: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル / ジエチレングリコールモノメチルエーテル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17N3O6S
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.63 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Tris HCl pH 8.5 + 32.5% PEG 1K

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→32 Å / Num. obs: 50979 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 14.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.42→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.274 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16814 2588 5.1 %RANDOM
Rwork0.15964 ---
obs0.16007 48390 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å2-0 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 118 146 1424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191359
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9882.0681852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8285155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.10520.61249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89315204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.51124.045596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6737.778747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.90732.446762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.6432257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.7831358
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.341544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.66551420
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 198 -
Rwork0.274 3541 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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