PDB-4yjm: The apo structure of Agrobacterium tumefaciens ClpS2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yjm

タイトル

The apo structure of Agrobacterium tumefaciens ClpS2

要素

ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

N-end rule / Protease adaptor

機能・相同性

機能・相同性情報

protein catabolic process /

タンパク質分解
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Stein, B. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of an N-Degron Adaptor with More Stringent Specificity.
著者: Stein, B.J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2016年2月10日	Group: Database references
改定 1.3	2016年12月28日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yjm.cif.gz	211 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yjm.ent.gz	172.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yjm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/4yjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/4yjm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yjxC 4ykaC 3dnjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7aep-d 3gq1-2 5gph-d 1v76-1 2wa9-2 3hix-2 5lmj-2 2wa9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

C: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

D: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

46.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

登録者が定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
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5

B: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

D: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

C: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

A: ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.007, 92.550, 96.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2 分子量: 11708.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: clpS2, Atu2232, AGR_C_4060 / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8UD95
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ATP-dependent Clp protease adapter protein ClpS 2

分子量: 11708.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Agrobacterium tumefaciens (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: clpS2, Atu2232, AGR_C_4060 / プラスミド: pET23b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8UD95

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.2M Ammonium Sulfate 0.2M Sodium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.952→18.543 Å / Num. obs: 38281 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 34.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DNJ

3dnj

解像度: 1.952→18.543 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2089	1862	4.86 %	Random Selection
R_work	0.1774	-	-	-
obs	0.1789	36420	99.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→18.543 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2671	0	0	215	2886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2715
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.176	3655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.902	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	421
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	467

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9522-2.005	0.2046	117	0.2115	2699	X-RAY DIFFRACTION	97
2.005-2.0639	0.2416	151	0.2076	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0639-2.1304	0.2517	152	0.1949	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1304-2.2064	0.2509	167	0.1883	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2064-2.2946	0.2098	121	0.1787	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2946-2.3989	0.1998	147	0.1678	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3989-2.525	0.1961	145	0.1767	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.525-2.6828	0.2217	144	0.1898	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6828-2.8892	0.2294	162	0.1849	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8892-3.1787	0.2287	161	0.1935	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1787-3.6356	0.2084	139	0.1756	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6356-4.5692	0.153	131	0.1502	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5692-18.5441	0.221	125	0.1802	2989	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0826	-0.258	-1.104	7.9105	-1.5808	4.5846	-0.0077	-0.0099	-0.1946	-0.5445	-0.1935	0.1958	0.4229	-0.0072	0.1821	0.1658	0.0144	0.0182	0.2866	0.0232	0.2107	Chain A	-21.184	12.7641	-0.1009
2	2.7409	0.8583	0.0989	4.5086	3.0224	4.5367	-0.0344	-0.0195	-0.1422	0.1444	0.1122	-0.1467	0.2959	0.3373	-0.0351	0.1263	0.0312	0.0048	0.2027	0.0291	0.1981	Chain B	-3.564	16.147	-8.2988
3	3.3749	-1.1942	1.4984	5.2266	1.0725	5.0885	-0.1347	-0.21	-0.0065	0.364	0.0867	0.1239	0.2428	-0.144	0.044	0.2708	-0.0034	-0.005	0.1909	-0.0675	0.2427	Chain C	-8.1424	-2.1	-27.4739
4	2.0305	1.0331	-0.5593	4.7312	-0.2126	2.608	-0.2259	0.3452	0.3412	-1.2776	0.2131	0.1483	-0.3898	0.0272	0.0003	0.6186	-0.0887	-0.0358	0.3117	0.0197	0.2583	Chain D	-2.3178	26.002	-29.7375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	18 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	20 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain C	C	20 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain D	D	19 - 102

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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