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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yhn | ||||||
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タイトル | Dabigatran Reversal Agent | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibodies (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Schiele, F. / Nar, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mabs / 年: 2015 タイトル: Structure-guided residence time optimization of a dabigatran reversal agent. 著者: Schiele, F. / van Ryn, J. / Litzenburger, T. / Ritter, M. / Seeliger, D. / Nar, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yhn.cif.gz | 347.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yhn.ent.gz | 285 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yhn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23767.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ハムスター) #2: 抗体 | 分子量: 24116.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ハムスター) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM PCB buffer (pH 6) and 25% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→29.98 Å / Num. obs: 33587 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 39.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.81 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1C1E 解像度: 2.31→21.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9057 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8782 / SU R Cruickshank DPI: 0.497 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.467 / SU Rfree Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.242
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.49 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.31→21.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.38 Å / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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