+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yc5 | |||||||||
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Title | Beta1 synthetic solenoid protein | |||||||||
Components | beta1 | |||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / solenoid / scaffold | |||||||||
Function / homology | E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 1.755 Å | |||||||||
Authors | Murray, J.W. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2016 Title: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension. Authors: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yc5.cif.gz | 98.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yc5.ent.gz | 75.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yc5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yc5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ycqC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5di5C 5dn0C 5dnsC 5dqaC 5draC 5dzbC 3du1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24676.037 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: synthetic protein sequence / Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): KRX | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.39 Å3/Da / Density % sol: 63.69 % / Description: long rod |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M Bis Tris, 3.0 M sodium chloride. / PH range: 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 1.0403 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 28, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0403 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→64.57 Å / Num. all: 34852 / Num. obs: 34852 / % possible obs: 99.71 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/av σ(I): 22.3587 / Net I/σ(I): 7.2971 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Redundancy: 14.24 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / % possible all: 99.85 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR Starting model: 3DU1 Resolution: 1.755→64.57 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 16.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.755→64.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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