PDB-4yap: Crystal structure of LigG-apo form from Sphingobium sp. strain SYK-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yap

タイトル

Crystal structure of LigG-apo form from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

Glutathione S-transferase homolog

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / GSH-lyase GSH-dependent

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.111 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Pereira, J.H. / Heins, R.A. / Gall, D.L. / McAndrew, R.P. / Deng, K. / Holland, K.C. / Donohue, T.J. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yap.cif.gz	175.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yap.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y98C 4y9dC 4ya6C 4yacC 4yaeC 4yagC 4yaiC 4yavC 4yam 4yan C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6p0r-d 4g10-1 5ji0-d 4uf7-2 4yav-1 3pg5-5 6guo-1 2d1q-d 5ey8-2 6h43-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (7) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase homolog

ヘテロ分子

30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase homolog

ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.664, 64.664, 120.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase homolog 分子量: 30318.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXJ9, UniProt: G2IN94*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.5 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99996 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99996 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→50 Å / Num. obs: 115374 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.111→41.055 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1822	5784	5.02 %
R_work	0.1678	-	-
obs	0.1685	115285	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.111→41.055 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2113	0	5	441	2559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.837	3062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.947	856
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	403

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1112-1.1238	0.272	188	0.266	3541	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1238-1.137	0.2696	197	0.2474	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.137-1.1509	0.244	174	0.2284	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1509-1.1654	0.2271	182	0.2144	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1654-1.1808	0.2237	203	0.2052	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1808-1.197	0.2127	186	0.1985	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.197-1.2141	0.1799	188	0.1914	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2141-1.2322	0.2097	199	0.1968	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2322-1.2514	0.1964	195	0.1988	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2514-1.272	0.2231	201	0.1855	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.272-1.2939	0.2074	205	0.1876	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2939-1.3174	0.2088	177	0.1868	3658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3174-1.3428	0.2006	179	0.1847	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3428-1.3702	0.2179	192	0.1832	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3702-1.4	0.2135	199	0.1779	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.4325	0.1948	191	0.1762	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4325-1.4684	0.1752	194	0.1733	3666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.5081	0.2001	199	0.1743	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5524	0.1928	204	0.1658	3655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5524-1.6026	0.1715	216	0.161	3610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6598	0.1591	188	0.1604	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.7263	0.1802	183	0.1576	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.8049	0.1866	170	0.1647	3724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.9	0.1718	186	0.1601	3661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-2.0191	0.1774	181	0.1577	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.1749	0.1777	186	0.1536	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.3938	0.1709	221	0.1491	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.7401	0.1826	193	0.1601	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7401-3.452	0.176	209	0.1606	3746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.452-41.0829	0.1579	198	0.1625	3808	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2056	0.7118	-0.564	1.4032	-0.3366	1.2734	-0.0591	0.1927	0.066	-0.1557	0.0385	-0.0351	-0.0669	-0.0741	0.009	0.1166	0.0236	-0.006	0.1112	-0.0051	0.0816	-15.393	54.2208	0.3615
2	0.9934	0.1768	-1.9138	5.7623	-0.3385	3.7484	-0.0162	0.0278	0.1531	0.0465	0.0297	-0.1438	-0.1685	0.0964	0.0629	0.1428	0.0563	-0.0065	0.1128	0.0022	0.0849	-15.1551	63.2806	5.7921
3	0.847	-0.0546	-0.6666	0.3388	0.0368	1.0749	0.0842	0.0365	-0.0145	-0.0131	-0.034	0.0563	-0.0727	-0.1259	-0.0534	0.0941	-0.003	-0.0063	0.0576	-0.0026	0.0711	-17.2979	49.2572	17.148
4	4.7708	0.5349	-1.731	0.9056	-0.6209	1.9828	-0.0122	-0.2047	0.0055	0.0103	-0.0156	-0.0993	0.0155	0.3104	-0.003	0.0777	-0.0006	-0.0169	0.1002	0.0038	0.0704	0.0358	39.064	21.7193
5	1.0948	-0.0636	-0.6714	0.2265	0.0307	1.1181	0.0165	0.0222	-0.0917	-0.0399	-0.0318	0.0195	0.0338	-0.0044	0.0187	0.0869	-0.0027	-0.0129	0.0476	-0.0015	0.0866	-9.7136	38.1789	11.5801
6	2.5508	0.1358	0.3836	1.3736	-0.7399	3.53	-0.0123	0.0153	-0.0128	-0.046	-0.0062	-0.0836	-0.0027	0.1498	0.0203	0.0918	0.0111	0.0095	0.0715	-0.0128	0.0828	5.17	43.4041	-3.8007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 117 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 118 through 145 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 146 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 265 )

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