PDB-4y9j: Crystal Structure of Caenorhabditis elegans ACDH-11 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y9j

タイトル

Crystal Structure of Caenorhabditis elegans ACDH-11 in complex with C11-CoA

要素

Protein ACDH-11, isoform b

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Acyl-CoA Dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる /

餓死 / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / fatty acid metabolic process /

fatty acid binding /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Li, Z.J. / Sun, F.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Acyl-CoA Dehydrogenase Drives Heat Adaptation by Sequestering Fatty Acids
著者: Ma, D.K. / Li, Z. / Lu, A.Y. / Sun, F. / Chen, S. / Rothe, M. / Menzel, R. / Sun, F. / Horvitz, H.R.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y9j.cif.gz	536.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y9j.ent.gz	439.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/4y9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/4y9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y9lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y9l-1 6hq6-d 3lpf-1 5z1b-d 7nho-d 6lej-1 6hq8-d 6cxs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein ACDH-11, isoform b

B: Protein ACDH-11, isoform b

ヘテロ分子

135 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein ACDH-11, isoform b

B: Protein ACDH-11, isoform b

ヘテロ分子

A: Protein ACDH-11, isoform b

B: Protein ACDH-11, isoform b

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
270 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.561, 116.676, 115.289
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1028- HOH
2	1	A-1238- HOH
3	1	A-1299- HOH
4	1	A-1350- HOH
5	1	B-1040- HOH
6	1	B-1303- HOH

#1: タンパク質	Protein ACDH-11, isoform b 分子量: 65840.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 10-602 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: acdh-11, CELE_Y45F3A.3, Y45F3A.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q3T978, UniProt: Q9XWZ2*PLUS, very-long-chain acyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UCC / S-{(3S,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} undecanethioate / undecanoyl coenzyme A 分子量: 935.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₆N₇O₁₇P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris, magnesium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 140058 / Num. obs: 139311 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 1.385 / Net I/av σ(I): 44.99 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 1052812

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	7.3	0.78	2.2	6998	1.144	100
1.83-1.86	7.5	0.981		6987	1.142	100
1.86-1.9	7.5	0.805		6993	1.152	100
1.9-1.94	7.5	0.643		6986	1.164	100
1.94-1.98	7.6	0.487		7001	1.106	100
1.98-2.03	7.6	0.382		6977	1.061	100
2.03-2.08	7.6	0.304		7013	1.113	100
2.08-2.13	7.6	0.258		7012	1.092	100
2.13-2.2	7.6	0.197		7013	1.079	100
2.2-2.27	7.6	0.155		7005	1.173	100
2.27-2.35	7.6	0.124		6979	1.139	100
2.35-2.44	7.6	0.104		7024	1.152	100
2.44-2.55	7.6	0.085		6995	1.178	100
2.55-2.69	7.6	0.071		7035	1.246	100
2.69-2.86	7.6	0.062		7001	1.399	100
2.86-3.08	7.6	0.053		7038	1.545	100
3.08-3.39	7.5	0.051		7024	2.094	100
3.39-3.88	7.4	0.046		7047	2.539	100
3.88-4.88	7.2	0.036		7062	2.269	99.9
4.88-50	7.2	0.031		6868	2.015	95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1000207001

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 6.692 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	6857	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1455	-	-	-
obs	0.1475	132919	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.55 Å² / B_iso mean: 45.688 Å² / B_iso min: 17.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	0.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9235	0	226	1120	10581
B_iso mean	-	-	47.01	51.3	-
残基数	-	-	-	-	1185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	9734
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.972	1.994	13179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.948	3	21698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.408	5	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.514	23.59	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.185	15	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.171	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.154	0.2	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.924	2.218	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.922	2.217	4782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.621	3.317	5976

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	523	-
R_work	0.304	9809	-
all	-	10332	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.829	0.141	-0.272	1.087	0.0391	1.3147	-0.0063	0.2115	0.1954	-0.0755	0.0692	-0.1193	-0.1603	0.0549	-0.063	0.0323	-0.0456	0.0157	0.165	0.0159	0.0776	Chain A	48.8365	-17.3241	19.5111
2	1.3804	0.4253	-0.5217	1.1466	-0.2096	1.3387	-0.0907	0.4201	0.0134	-0.0917	0.1379	0.2085	0.227	-0.4222	-0.0471	0.0512	-0.1028	-0.0112	0.2868	-0.0121	0.0487	Chain B	20.5896	-35.4543	22.0126
3	4.0218	-0.281	3.3782	0.0238	-0.2339	2.8472	-0.3319	0.3373	0.384	0.0055	0.0059	-0.0162	-0.3347	0.2778	0.326	0.3725	-0.0484	-0.0189	0.2992	0.0743	0.242	Chain C FAD Ligand	37.7957	-8.9728	23.2703
4	0.0927	0.1868	0.913	0.4254	2.0378	9.916	0.0568	-0.0503	-0.0102	-0.0383	-0.0959	-0.0185	-0.0076	-0.7127	0.0391	0.3229	-0.0904	0.0702	0.2376	-0.1215	0.111	Chain D FAD Ligand	32.1806	-43.6164	23.7297
5	0.8552	0.2846	-0.2134	0.7132	-0.1048	0.7817	-0.0144	0.0694	0.0598	0.0279	0.0355	-0.0001	0.0498	-0.0391	-0.0211	0.1017	-0.0232	0.005	0.1956	-0.0183	0.1001	Chain Z water molecules	37.5657	-27.3943	26.4274
6	0.1488	0.5155	0.4777	3.066	2.9795	2.9046	0.0836	0.1534	-0.0578	0.2468	0.0546	-0.178	0.2269	-0.0131	-0.1382	0.2356	0.0166	0.0931	0.3998	0.0169	0.4101	Chain E C11-CoA Ligand	46.4624	-7.9167	20.658
7	4.0521	-1.4153	1.996	0.711	-0.8674	1.1219	-0.0661	0.1307	0.0066	-0.2326	0.1415	0.063	0.2071	-0.1295	-0.0753	0.4539	-0.3491	0.0108	0.3952	-0.0676	0.1423	Chain F C11-CoA Ligand	23.4909	-47.1824	21.2945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 610
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	19 - 611
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	701
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	701
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	801 - 1391
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	801 - 1329
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	702
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	702

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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