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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y3u | ||||||
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タイトル | The structure of phospholamban bound to the calcium pump SERCA1a | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ca-ATPase / SERCA1a | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / regulation of relaxation of muscle / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / calcium ion-transporting ATPase complex / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / acrosome assembly ...Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / negative regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / regulation of relaxation of muscle / regulation of the force of heart contraction by cardiac conduction / calcium ion-transporting ATPase complex / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / acrosome assembly / positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / regulation of calcium ion import / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / ATPase inhibitor activity / negative regulation of ATP-dependent activity / cardiac muscle tissue development / regulation of cardiac muscle cell contraction / I band / negative regulation of heart rate / muscle cell cellular homeostasis / regulation of calcium ion transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / Notchシグナリング / sarcoplasmic reticulum membrane / 筋小胞体 / ミトコンドリア / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Canis familiaris (イヌ) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.51 Å | ||||||
データ登録者 | Hurley, T.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013 タイトル: The structural basis for phospholamban inhibition of the calcium pump in sarcoplasmic reticulum. 著者: Akin, B.L. / Hurley, T.D. / Chen, Z. / Jones, L.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y3u.cif.gz | 403.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y3u.ent.gz | 335.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: Muscle骨格筋 / 組織: skeletal muscle骨格筋 / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5859.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis familiaris (イヌ) / 遺伝子: PLN / プラスミド: PVL1393 / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P61012 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This is a second copy of phospholamban bound in this structure, but the side chain electron density is insufficient to assign the correct sequence register 由来: (組換発現) Canis familiaris (イヌ) / 遺伝子: PLN 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
#4: 化合物 | ChemComp-K / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.1 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 UL OF SERCA1A AT 15 MG/ML IN 2% N- NONYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE (NONYL MALTOSIDE) (ANATRACE), 20% GLYCEROL, 100 MM MOPS (PH 7.0), 0.12 M SUCROSE, 80 MM KCL, 3 MM MGCL2, AND 2.8 MM EGTA WAS ...詳細: 1 UL OF SERCA1A AT 15 MG/ML IN 2% N- NONYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE (NONYL MALTOSIDE) (ANATRACE), 20% GLYCEROL, 100 MM MOPS (PH 7.0), 0.12 M SUCROSE, 80 MM KCL, 3 MM MGCL2, AND 2.8 MM EGTA WAS MIXED WITH 1 UL OF PHOSPHOLAMBAN AT 2.1 MG/ML IN 20 MM MOPS (PH 7.2), 20% GLYCEROL, AND 0.1 % DECYLMALTOSIDE OR 0.01% DODECYL MALTOSIDE. THIS PROTEIN MIXTURE WAS THEN ADDED TO AN EQUAL VOLUME OF CRYSTALLIZATION LIQUOR; 15 % GLYCEROL, 17% (W/V) PEG-2000, 200MM NAOAC, AND 5 MM BETA-MERCOPTOETHANOL) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 23282 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0.2 / Observed criterion σ(I): 0.2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.46 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 4KYT 解像度: 3.51→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 56.647 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.592 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 135.931 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.51→48.79 Å
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拘束条件 |
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