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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y08 | ||||||
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タイトル | ONE MINUTE IRON LOADED HUMAN H FERRITIN | ||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ferroxidase / Ferritin heavy chain (フェリチン) / iron homeostasis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Mangani, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Iron binding to human heavy-chain ferritin. 著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Bernacchioni, C. / Ciambellotti, S. / Turano, P. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y08.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y08.ent.gz | 46.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/4y08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/4y08 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21255.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pET9A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase |
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-非ポリマー , 5種, 349分子
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 % / 解説: bipyramidal crystals |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.0 M magnesium chloride and 0.1 M BICINE at pH 9.0 / PH範囲: 7.7 - 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.34→29.11 Å / Num. all: 60022 / Num. obs: 60022 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.34→1.41 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3AJO 解像度: 1.34→27.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 0.543 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: shapes of electron density closed to Fe2 and Fe3 are compatible with Oxygen but there is no experimental evidence of its presence.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.024 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.34→27.76 Å
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拘束条件 |
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