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万見
- PDB-4xww: Crystal structure of RNase J complexed with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xww
タイトルCrystal structure of RNase J complexed with RNA
要素
  • DR2417
  • RNA (5'-D(UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / two-metal-ion / dimerization / manganese (マンガン) / Deinococcus radiodurans (デイノコッカス・ラディオデュランス) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Ubiquitin-like (UB roll) / 4-Layer Sandwich / Roll / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / Ribonuclease J
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lu, M. / Zhang, H. / Xu, Q. / Hua, Y. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China2015CB910600 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insights into catalysis and dimerization enhanced exonuclease activity of RNase J
著者: Zhao, Y. / Lu, M. / Zhang, H. / Hu, J. / Zhou, C. / Xu, Q. / Shah, A.M.U.H. / Xu, H. / Wang, L. / Hua, Y.
履歴
登録2015年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DR2417
B: DR2417
D: RNA (5'-D(UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
E: RNA (5'-D(UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,15512
ポリマ－127,5994
非ポリマー5568
水13,673759
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area41620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.120, 87.860, 249.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 DR2417


分子量: 61701.379 Da / 分子数: 2 / 変異: D175A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta / 参照: UniProt: H9CZL7
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2098.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 767分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 759 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, MnCl2, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 158299 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / Rmerge F obs: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 10.69 / Num. measured all: 936565
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.740.6470.6971.92390741194395360.79679.8
1.74-1.790.8390.572.926173611614111700.6396.2
1.79-1.840.910.4444.036972911323112430.48599.3
1.84-1.90.940.345.136735110944108730.37299.4
1.9-1.960.9590.2616.436577010681106240.28699.5
1.96-2.030.970.2048.056324210308102460.22499.4
2.03-2.110.9710.1699.5561057994898950.18699.5
2.11-2.190.9770.14710.8458685959195560.16299.6
2.19-2.290.9770.13212.0256135922091680.14599.4
2.29-2.40.980.1213.0753463884687840.13299.3
2.4-2.530.980.11114.1350496836982910.12399.1
2.53-2.690.9810.10415.1747857801179000.11598.6
2.69-2.870.9830.09816.0744667745673520.10898.6
2.87-3.10.9850.09217.1641742701269470.10199.1
3.1-3.40.9850.08918.0738322647664010.09898.8
3.4-3.80.9850.08718.5434764587758260.09699.1
3.8-4.390.9870.08518.8330441521651760.09499.2
4.39-5.370.9870.08218.7425308445343910.0998.6
5.37-7.60.9870.08218.5419970350234460.0998.4
7.60.9780.08116.426756204214740.09172.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XSCALEデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
XDS位相決定
精密化解像度: 1.7→29.591 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 7889 5.02 %
Rwork0.1949 149260 -
obs0.196 157149 96.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.79 Å2 / Biso mean: 37.8393 Å2 / Biso min: 12.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8293 242 18 759 9312
Biso mean--37.55 40.03 -
残基数----1101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10912029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7473282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.71940.36091850.30483565375070
1.7194-1.73970.30392450.27234219446484
1.7397-1.76090.31792140.25544624483889
1.7609-1.78320.28822820.25144881516397
1.7832-1.80660.25542640.245057532199
1.8066-1.83140.2472510.24075062531399
1.8314-1.85750.29772640.24165048531299
1.8575-1.88530.26292180.22935085530399
1.8853-1.91470.25782790.22695098537799
1.9147-1.94610.23442730.2225035530899
1.9461-1.97960.26022900.22065090538099
1.9796-2.01560.25742360.211650925328100
2.0156-2.05440.24152630.21345060532399
2.0544-2.09630.21652890.20695093538299
2.0963-2.14190.25542880.20565030531899
2.1419-2.19170.24492690.20755079534899
2.1917-2.24650.2182910.19695080537199
2.2465-2.30720.21452450.20745095534099
2.3072-2.37510.2252640.20365066533099
2.3751-2.45170.23232830.19835054533798
2.4517-2.53930.21822880.20255038532699
2.5393-2.64090.21892730.20395056532998
2.6409-2.7610.24252810.19835060534198
2.761-2.90640.21942720.19865100537298
2.9064-3.08840.20482760.19195078535499
3.0884-3.32650.19822820.18215097537998
3.3265-3.66070.18032500.17235177542799
3.6607-4.18920.18372720.16285189546199
4.1892-5.2730.16842450.15645216546198
5.273-29.5950.22932570.21114836509388
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.7308 Å / Origin y: 97.3975 Å / Origin z: 26.5299 Å
111213212223313233
T0.239 Å2-0.0431 Å2-0.016 Å2-0.2106 Å20.0235 Å2--0.0787 Å2
L0.6894 °20.1281 °20.1285 °2-1.7682 °20.0429 °2--0.3762 °2
S0.0761 Å °-0.1348 Å °-0.0707 Å °0.4552 Å °-0.0406 Å °-0.0305 Å °0.0577 Å °-0.0028 Å °-0.0314 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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