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Yorodumi- PDB-4xs5: Crystal structure of Sulfate transporter/antisigma-factor antagon... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xs5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS from Dyadobacter fermentans DSM 18053 | ||||||
Components | Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS Function and homology information | ||||||
Biological species | Dyadobacter fermentans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS from Dyadobacter fermentans DSM 18053 Authors: Chang, C. / Cuff, M. / Chhor, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xs5.cif.gz | 199.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xs5.ent.gz | 169.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xs5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/4xs5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 16213.268 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Dyadobacter fermentans (strain ATCC 700827 / DSM 18053 / NS114) (bacteria) Strain: ATCC 700827 / DSM 18053 / NS114 / Gene: Dfer_5480 / Plasmid: pMCSG57 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / References: UniProt: C6VVE1 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 59.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. all: 17843 / Num. obs: 17637 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 27.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→2.95 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.9→40.25 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.89 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→40.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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