ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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HKL-2000 | | データ削減 | PHENIX | (phenix.refine: dev_1624)精密化 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→47.206 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 |
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Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.2381 | 1990 | 3.04 % |
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Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.1748 | - | - |
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obs | 0.1767 | 65439 | 99.78 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 230.84 Å2 / Biso mean: 70.6692 Å2 / Biso min: 30.42 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→47.206 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 18711 | 0 | 84 | 93 | 18888 |
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Biso mean | - | - | 96.95 | 47.67 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 2255 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID | Dom-ID | Auth asym-ID | 数 | Refine-ID | Rms | タイプ |
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1 | 1 | A2864 | X-RAY DIFFRACTION | 8.643 | TORSIONAL1 | 2 | D2864 | X-RAY DIFFRACTION | 8.643 | TORSIONAL2 | 1 | B3650 | X-RAY DIFFRACTION | 8.643 | TORSIONAL2 | 2 | E3650 | X-RAY DIFFRACTION | 8.643 | TORSIONAL3 | 1 | C3878 | X-RAY DIFFRACTION | 8.643 | TORSIONAL3 | 2 | F3878 | X-RAY DIFFRACTION | 8.643 | TORSIONAL | | | | | | | | | | | |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 97.2875 Å / Origin y: 5.5196 Å / Origin z: 142.3371 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.4694 Å2 | -0.0628 Å2 | -0.0428 Å2 | - | 0.2737 Å2 | 0.0404 Å2 | - | - | 0.4333 Å2 |
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L | 0.9007 °2 | -0.2234 °2 | -0.0187 °2 | - | 0.2059 °2 | -0.029 °2 | - | - | 0.0616 °2 |
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S | 0.1172 Å ° | -0.0152 Å ° | -0.136 Å ° | -0.0318 Å ° | -0.099 Å ° | 0.0076 Å ° | -0.0033 Å ° | 0.0113 Å ° | -0.0209 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID 2:312 OR RESID 401:404 OR RESID 501:507 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 1:435 OR RESID 501:504 OR RESID 601:622 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 1:394 OR RESID 401:404 OR RESID 501:518 ) ) OR ( CHAIN E AND ( RESID 2:394 OR RESID 401:402 OR RESID 501:517 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 2:312 OR RESID 401:402 OR RESID 501:509 ) ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 1:435 OR RESID 501:503 OR RESID 601:620 ) )A2 - 312 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | ( CHAIN A AND ( RESID 2:312 OR RESID 401:404 OR RESID 501:507 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 1:435 OR RESID 501:504 OR RESID 601:622 ) ) OR ( CHAIN | | |
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