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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xrf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MepR like protein complexed with pseudoligands | ||||||
要素 | Transcriptional regulator, MarR familyTranscriptional regulation | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / WINGED HELIX TURN HELIX TRANSCRIPTION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (セレウス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, M. / Kim, M.I. / Cho, M.U. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of MepR like protein complexed with pseudoligands 著者: Hong, M. / Kim, M.I. / Cho, M.U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xrf.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xrf.ent.gz | 57.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xrf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xrf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/4xrf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -X+Y, Y, -Z |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 16531.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 5-146 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31) (セレウス菌) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: BC_0657 / プラスミド: pET49b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81HX3 |
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-非ポリマー , 7種, 76分子
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-ISQ / | #4: 化合物 | ChemComp-DAO / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NI / | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1M phosphate citrate, 2.4 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97958 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日 / 詳細: certical focusing toroidal, rhodium coated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DCM Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 13502 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 5.479 / Net I/av σ(I): 83.969 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 277710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→26.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.708 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.63 Å2 / Biso mean: 45.695 Å2 / Biso min: 20.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.16→26.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.162→2.219 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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