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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xnw | ||||||
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タイトル | The human P2Y1 receptor in complex with MRS2500 | ||||||
要素 | P2Y purinoceptor 1,Rubredoxin,P2Y purinoceptor 1 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / human P2Y1 receptor / G protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / platelet activation (凝固・線溶系) / membrane protein (膜タンパク質) / PSI-Biology / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / GPCR Network / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled ATP receptor activity / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y受容体 / cellular response to purine-containing compound / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of penile erection / negative regulation of norepinephrine secretion ...G protein-coupled ATP receptor activity / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y受容体 / cellular response to purine-containing compound / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of penile erection / negative regulation of norepinephrine secretion / A1 adenosine receptor binding / alkane catabolic process / glial cell migration / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / positive regulation of hormone secretion / signal transduction involved in regulation of gene expression / response to growth factor / cellular response to ATP / regulation of synaptic vesicle exocytosis / eating behavior / monoatomic ion transport / presynaptic active zone membrane / response to mechanical stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / ADP binding / 繊毛 / 凝固・線溶系 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor activity / cell body / regulation of cell shape / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / scaffold protein binding / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / electron transfer activity / postsynaptic density / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / iron ion binding / apical plasma membrane / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / glutamatergic synapse / 樹状突起 / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Clostridium pasteurianum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, D. / Gao, Z. / Jacobson, K. / Han, G.W. / Stevens, R. / Zhao, Q. / Wu, B. / GPCR Network (GPCR) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Two disparate ligand-binding sites in the human P2Y1 receptor 著者: Zhang, D. / Gao, Z.G. / Zhang, K. / Kiselev, E. / Crane, S. / Wang, J. / Paoletta, S. / Yi, C. / Ma, L. / Zhang, W. / Han, G.W. / Liu, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jiang, H. / Stevens, ...著者: Zhang, D. / Gao, Z.G. / Zhang, K. / Kiselev, E. / Crane, S. / Wang, J. / Paoletta, S. / Yi, C. / Ma, L. / Zhang, W. / Han, G.W. / Liu, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jiang, H. / Stevens, R.C. / Jacobson, K.A. / Zhao, Q. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xnw.cif.gz | 149.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xnw.ent.gz | 121.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xnw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47468.289 Da / 分子数: 2 / 変異: D320N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Chimera protein of P2Y purinoceptor 1 (P2RY1_HUMA) with Rubredoxin (RUBR_CLOPA) inserted into ICL3 domain between residues 247LYS and 253PRO, and replaced residues 248ASN to 252SER. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア) 遺伝子: P2RY1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P47900, UniProt: P00268 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400 Sodium citrate HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 20471 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 18.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 8.27 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.213 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.31 Å
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拘束条件 |
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