+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xi0 | ||||||
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Title | MamA 41-end from Desulfovibrio magneticus RS-1 | ||||||
Components | Magnetosome protein MamA | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Magnetosome associated protein / protein-protein interaction / TPR motif | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Desulfovibrio magneticus RS-1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.88 Å | ||||||
Authors | Zarivach, R. / Zeytuni, N. / Cronin, S. / Davidov, G. / Baran, D. / Stein, T. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: MamA as a Model Protein for Structure-Based Insight into the Evolutionary Origins of Magnetotactic Bacteria. Authors: Zeytuni, N. / Cronin, S. / Lefevre, C.T. / Arnoux, P. / Baran, D. / Shtein, Z. / Davidov, G. / Zarivach, R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xi0.cif.gz | 427.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xi0.ent.gz | 358.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xi0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xi0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3as5S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 23278.578 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 41-217 / Mutation: M124I, E140A, K141A, E143A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Desulfovibrio magneticus RS-1 (bacteria) Gene: mamA, DMR_41160 / Plasmid: pET52b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: C4XPQ7 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.77 Å3/Da / Density % sol: 74.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.1 Details: 0.1 M Tris pH 8.1, 0.75 M sodium potassium tartrate and 0.5% polyethylene glycol monomethyl ether 5000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.939 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.939 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.88→22 Å / Num. obs: 51648 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 2.455 / Net I/av σ(I): 43.89 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 320120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3AS5 Resolution: 2.88→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.2127 / FOM work R set: 0.8408 / SU B: 24.563 / SU ML: 0.207 / SU R Cruickshank DPI: 0.4661 / SU Rfree: 0.2697 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.27 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.97 Å2 / Biso mean: 67.091 Å2 / Biso min: 29.44 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.88→22 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2403 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.879→2.954 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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