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- PDB-4xcb: Crystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xcb
タイトルCrystal Structure of HygX from Streptomyces hygroscopicus with nickel, 2-oxoglutarate, and hygromycin B bound
要素oxidase/hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / double stranded beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
q2cbj1_9rhob like domain / フィタノイルCoAジオキシゲナーゼ / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / HYGROMYCIN B VARIANT / NICKEL (II) ION / Putative oxidase/hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Oxidative cyclizations in orthosomycin biosynthesis expand the known chemistry of an oxygenase superfamily.
著者: McCulloch, K.M. / McCranie, E.K. / Smith, J.A. / Sarwar, M. / Mathieu, J.L. / Gitschlag, B.L. / Du, Y. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxidase/hydroxylase
B: oxidase/hydroxylase
C: oxidase/hydroxylase
D: oxidase/hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,38516
ポリマ－117,4564
非ポリマー2,92912
水10,413578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15760 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area36470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.220, 117.431, 185.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
oxidase/hydroxylase


分子量: 29363.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus subsp. hygroscopicus (バクテリア)
遺伝子: hygX / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2MFS1
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物
ChemComp-HY0 / HYGROMYCIN B VARIANT / (2R,3'R,3aS,4S,4'S,5'R,6R,6'R,7S,7aS)-4-[(1R,2S,3R,5S,6R)-3-azanyl-2,6-dihydroxy-5-(methylamino)cyclohexyl]oxy-6'-[(1S) -1-azanyl-2-hydroxy-ethyl]-6-(hydroxymethyl)spiro[4,6,7,7a-tetrahydro-3aH-[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-oxane]-3',4',5', 7-tetrol


分子量: 527.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H37N3O13
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 100 mM MES, 18% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 126988 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.302 / Net I/av σ(I): 25.668 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 461160
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.633.20.34460190.8930.2120.4070.57782.7
1.63-1.663.20.29160100.9360.1770.3430.60483.3
1.66-1.693.30.25960720.9440.1570.3050.6182.9
1.69-1.723.30.21960970.9590.130.2560.63984.1
1.72-1.763.30.18161240.9710.1070.2120.65284.2
1.76-1.83.40.16861770.9740.0980.1960.6984.5
1.8-1.853.50.13860780.9850.0790.160.71884.1
1.85-1.93.60.12561340.9860.0710.1440.79684.1
1.9-1.953.70.10861170.990.060.1240.89783.7
1.95-2.023.80.09360670.9920.050.1060.94782.5
2.02-2.093.80.08259980.9940.0440.0931.06782.4
2.09-2.173.90.07559560.9950.0390.0851.15681.5
2.17-2.2740.07559920.9950.0390.0851.41981.8
2.27-2.393.90.07560870.9940.0380.0851.6982.7
2.39-2.543.90.07661890.9940.0390.0852.10184
2.54-2.743.70.07266140.9940.0380.0822.44289.9
2.74-3.013.60.06670770.9950.0340.0752.59895.3
3.01-3.453.70.04973600.9980.0260.0552.20898.8
3.45-4.343.90.03174470.9980.0170.0361.60499
4.34-503.80.02773730.9990.0150.0311.27393.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4XCA

4xca


解像度: 1.6→35.352 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2529 6299 4.96 %
Rwork0.2216 120599 -
obs0.2232 126898 86.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.64 Å2 / Biso mean: 22.3972 Å2 / Biso min: 6.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→35.352 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8116 0 188 578 8882
Biso mean--20.22 25.46 -
残基数----1024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10611625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.573130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5933-1.61140.31031830.27093594377778
1.6114-1.63030.32092090.26113850405984
1.6303-1.65020.28081970.24553797399483
1.6502-1.67110.28282020.24933871407383
1.6711-1.69310.25961970.24443826402384
1.6931-1.71630.34472170.25663868408584
1.7163-1.74080.31792190.25313876409584
1.7408-1.76680.27181730.24663902407584
1.7668-1.79440.30482110.25573934414584
1.7944-1.82380.28541940.2393856405084
1.8238-1.85520.262050.24723919412484
1.8552-1.8890.30661840.24683869405384
1.889-1.92530.24761770.24093940411784
1.9253-1.96460.27261850.24353822400783
1.9646-2.00730.28142360.24563856409283
2.0073-2.0540.28542070.23753729393682
2.054-2.10540.27761810.23663872405382
2.1054-2.16230.30051710.23483790396182
2.1623-2.22590.261930.23353786397982
2.2259-2.29770.27951980.23073883408183
2.2977-2.37980.24811990.23343835403483
2.3798-2.47510.27282030.22943894409784
2.4751-2.58770.27192450.23424006425186
2.5877-2.72410.24762080.23724264447291
2.7241-2.89470.26122580.23784414467294
2.8947-3.11810.27652280.22934621484998
3.1181-3.43160.25282810.22044646492799
3.4316-3.92760.21712490.19854708495799
3.9276-4.94620.20162630.16874717498098
4.9462-35.36070.19662260.18564654488092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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