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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xax | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermus thermophilus CarD in complex with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription Regulator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.404 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, J. / Bae, B. / Campbell, E.A. / Darst, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2015 タイトル: CarD uses a minor groove wedge mechanism to stabilize the RNA polymerase open promoter complex. 著者: Bae, B. / Chen, J. / Davis, E. / Leon, K. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xax.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xax.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xax.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xax | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20545.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWU7, ポリメラーゼ | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17570.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLX5 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Ammonium sulfate, sodium acetate, ethylene gycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Χ2: 1.033 / Net I/av σ(I): 25.176 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 138939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4L5G, 3MLQ 解像度: 2.404→49.323 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.9 Å2 / Biso mean: 60.0647 Å2 / Biso min: 15.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.404→49.323 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 95 %
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