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万見
- PDB-4x0g: Structure of Bsg25A binding with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x0g
タイトルStructure of Bsg25A binding with DNA
要素
  • Blastoderm-specific gene 25A
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Bsg25A / Elba1 / ben. DNA-binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / embryonic development via the syncytial blastoderm / chromatin insulator sequence binding / chromatin silencing complex / sequence-specific DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BEN domain / BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Early boundary activity protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2065 Å
データ登録者Ren, A.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Common and distinct DNA-binding and regulatory activities of the BEN-solo transcription factor family.
著者: Dai, Q. / Ren, A. / Westholm, J.O. / Duan, H. / Patel, D.J. / Lai, E.C.
履歴
登録2014年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.d_res_high / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blastoderm-specific gene 25A
B: Blastoderm-specific gene 25A
C: Blastoderm-specific gene 25A
D: Blastoderm-specific gene 25A
E: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,69211
ポリマ－64,5158
非ポリマー1773
水181
1
A: Blastoderm-specific gene 25A
B: Blastoderm-specific gene 25A
E: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3766
ポリマ－32,2574
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
2
C: Blastoderm-specific gene 25A
D: Blastoderm-specific gene 25A
G: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3175
ポリマ－32,2574
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.550, 92.550, 62.998
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Blastoderm-specific gene 25A / RE24665p


分子量: 12138.113 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 250-358 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Bsg25A, CG12205, Dmel_CG12205 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VR17
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3990.622 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M NaOAc pH 4.6, 25% PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 9889 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IX7

4ix7


解像度: 3.2065→40.075 Å / FOM work R set: 0.7609 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 474 4.81 %
Rwork0.2282 9389 -
obs0.2307 9863 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 16.68 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 116.44 Å2 / Biso mean: 59.02 Å2 / Biso min: 31.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7508 Å20 Å2-0 Å2
2--3.7508 Å2-0 Å2
3----7.5015 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2065→40.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3324 1060 12 1 4397
Biso mean--61.71 36.63 -
残基数----486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6386413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3691808
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.2065-3.67030.29071450.259831283273
3.6703-4.62310.26251740.218531343308
4.6231-40.07840.28211550.218731273282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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