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Yorodumi- PDB-4wx1: Structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mut... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wx1 | ||||||
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Title | Structure of Aspergillus fumigatus UDP-Galactopyranose mutase mutant F66A determined from a crystal soaked with UDP-Galactopyranose | ||||||
Components | UDP-galactopyranose mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / FLAVIN ADENINE DINUCLEOTIDE BINDING / NUCLEOTIDE BINDING / MUTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-galactopyranose mutase / UDP-galactopyranose mutase activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neosartorya fumigata (mold) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Qureshi, I.A. / Chaudhary, R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Contributions of Unique Active Site Residues of Eukaryotic UDP-Galactopyranose Mutases to Substrate Recognition and Active Site Dynamics. Authors: Da Fonseca, I. / Qureshi, I.A. / Mehra-Chaudhary, R. / Kizjakina, K. / Tanner, J.J. / Sobrado, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wx1.cif.gz | 787.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wx1.ent.gz | 652.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wx1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4u8iC 4u8jC 4u8kC 4u8lC 4u8mC 4u8nC 4u8oC 4u8pC 3utgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 57052.391 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: F66A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neosartorya fumigata (mold) / Gene: glf, glfA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q4W1X2, UDP-galactopyranose mutase |
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-Non-polymers , 5 types, 553 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FDA / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.82 Å3/Da / Density % sol: 74.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 1.2 - 1.4 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate at pH 4.5. Crystal was soaked in 100 mM UDP-galactopyranose for 75 minutes. PH range: 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 26, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→162.72 Å / Num. obs: 224393 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 32.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 2997337 / Scaling rejects: 404 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB ENTRY 3UTG Resolution: 2.2→103.192 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.49 Å2 / Biso mean: 40.2672 Å2 / Biso min: 19.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→103.192 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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