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- PDB-4wuk: Crystal structure of apo CH65 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wuk
タイトルCrystal structure of apo CH65 Fab
要素
  • CH65 heavy chain
  • CH65 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, P.S. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R56 AI099275 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the apo anti-influenza CH65 Fab.
著者: Lee, P.S. / Arnell, A.J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2014年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Other
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CH65 heavy chain
L: CH65 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5414
ポリマ－48,1262
非ポリマー4152
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.095, 67.024, 130.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CH65 heavy chain


分子量: 25406.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 CH65 light chain


分子量: 22720.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 55829 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3sm5

3sm5
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.7→46.763 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 2802 5.06 %
Rwork0.1805 --
obs0.1819 55419 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 26 348 3645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2094720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9191241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6993-1.72860.34881350.28152421X-RAY DIFFRACTION93
1.7286-1.760.2521250.23052629X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.79390.26891460.19692623X-RAY DIFFRACTION100
1.7939-1.83050.23131460.18892611X-RAY DIFFRACTION100
1.8305-1.87030.2251420.19362617X-RAY DIFFRACTION100
1.8703-1.91380.30551420.26352566X-RAY DIFFRACTION97
1.9138-1.96170.38731330.3362485X-RAY DIFFRACTION95
1.9617-2.01470.19131430.19042612X-RAY DIFFRACTION100
2.0147-2.0740.23061660.21352598X-RAY DIFFRACTION99
2.074-2.14090.23251380.20262633X-RAY DIFFRACTION99
2.1409-2.21740.20071390.17182639X-RAY DIFFRACTION100
2.2174-2.30620.271410.26082553X-RAY DIFFRACTION96
2.3062-2.41120.21231340.17562636X-RAY DIFFRACTION100
2.4112-2.53830.21471310.18662664X-RAY DIFFRACTION100
2.5383-2.69730.23671370.19262671X-RAY DIFFRACTION100
2.6973-2.90550.22871430.19912669X-RAY DIFFRACTION100
2.9055-3.19790.19141390.17932688X-RAY DIFFRACTION100
3.1979-3.66050.18961340.15962714X-RAY DIFFRACTION100
3.6605-4.61120.15541410.12562726X-RAY DIFFRACTION100
4.6112-46.78040.14271470.14182862X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53780.5481-0.68281.5922-1.01442.17350.0128-0.0243-0.01560.01870.0315-0.0321-0.03050.032-0.03880.13520.01890.01360.1265-0.00610.077820.923-17.707-65.38
22.4694-1.0155-0.57534.49821.53522.09110.0422-0.09760.16050.0694-0.04830.2357-0.0227-0.08460.00610.20290.00480.00030.13020.00660.1219-5.375-15.886-35.027
33.7099-2.6556-1.22972.4310.7772.03190.00440.01950.59990.12220.1075-0.1963-0.4407-0.0379-0.07450.3050.00650.05190.15130.02040.252117.0093.256-64.057
41.6431-0.70640.98273.5412-1.79423.22840.0659-0.04060.01150.0879-0.1454-0.18310.02290.10410.0980.211-0.0030.03780.1176-0.01910.13547.579-5.789-34.451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:113H1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 114:300H114 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 1:107L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 108:300L108 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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