PDB-4wia: Crystal structure of flagellar accessory protein FlaH from Methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wia

タイトル

Crystal structure of flagellar accessory protein FlaH from Methanocaldococcus jannaschii

要素

Putative flagella-related protein H

キーワード

ATP-BINDING PROTEIN /

archaea (古細菌) /

flagella (鞭毛)

機能・相同性

機能・相同性情報

archaeal-type flagellum /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the flagellar accessory protein FlaH of Methanocaldococcus jannaschii suggests a regulatory role in archaeal flagellum assembly.
著者: Meshcheryakov, V.A. / Wolf, M.

履歴

登録	2014年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wia.cif.gz	281.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wia.ent.gz	240.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/4wia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ra2-d 4cre-1 4cra-2 3lmm-4 4pxy-2 4crd-1 4pxy-1 4myl-1 6ra3-d 4jqs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative flagella-related protein H

B: Putative flagella-related protein H

C: Putative flagella-related protein H

ヘテロ分子

80.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.960, 130.960, 89.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	5 - 233
2	1	B	5 - 233
1	2	A	5 - 229
2	2	C	5 - 229
1	3	B	5 - 229
2	3	C	5 - 229

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Putative flagella-related protein H 分子量: 26368.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 遺伝子: flaH, MJ0899 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q58309
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.65 M Rb2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.97886, 0.97944

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97886	1
2	0.97944	1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45022 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Net I/σ(I): 11.9

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 15.644 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23296	2182	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20552	-	-	-
obs	0.20687	42807	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.03 Å²	0.52 Å²	0 Å²
2-	-	1.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5378	0	71	70	5519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	5513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5553
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.854	2.014	7442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.418	3	12789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.897	5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.813	24.366	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.041	15	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.083	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.326	3.164	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.324	3.163	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.496	4.736	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.495	4.738	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.977	3.458	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.977	3.457	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.416	5.081	4032
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.373	25.321	6061
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.379	25.319	6061
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14096	0.14
1	2	B	14096	0.14
2	1	A	14157	0.13
2	2	C	14157	0.13
3	1	B	13606	0.16
3	2	C	13606	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	165	-
R_work	0.3	3127	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2997	-0.2	-0.4878	3.4678	0.8609	4.6427	0.0232	-0.3045	-0.3868	0.0674	-0.0164	-0.1095	0.4142	0.3612	-0.0068	0.1819	-0.1615	0.0181	0.3103	0.0104	0.078	17.5445	-71.4278	109.8367
2	2.4071	0.7428	-0.3192	3.7417	-0.349	1.6356	0.036	0.0142	0.4003	-0.0243	-0.0583	0.7007	-0.3776	-0.7616	0.0223	0.3944	0.146	0.0932	0.647	-0.0639	0.3419	-1.1434	-37.655	106.3397
3	2.4369	0.7072	-0.3844	2.9784	-1.1663	5.3432	-0.0094	0.1058	0.0434	0.0099	-0.027	0.154	-0.2214	-0.2346	0.0364	0.1544	-0.0965	0.0055	0.2891	-0.0024	0.0111	20.0487	-51.2255	76.547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 233
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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