PDB-4v0h: Human metallo beta lactamase domain containing protein 1 (hMBLAC1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4v0h

タイトル

Human metallo beta lactamase domain containing protein 1 (hMBLAC1)

要素

METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

GLYOXALASE II FAMILY / NON-HEME IRON

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素 /

hydrolase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Pettinati, I. / McDonough, M.A. / Brem, J. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Biosynthesis of histone messenger RNA employs a specific 3' end endonuclease.
著者: Pettinati, I. / Grzechnik, P. / Ribeiro de Almeida, C. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Dhir, S. / Proudfoot, N.J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2014年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / Other カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_status Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4v0h.cif.gz	334.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4v0h.ent.gz	273.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4v0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/4v0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sbj-2 2aay-d 4w7l-2 1vjg-1 4w7n-2 2vh4-2 2y4l-1 4bjz-d 4w7j-2 4w7m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

B: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

C: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

D: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
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1

C: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

D: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

A: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 2 ポリマー
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3

A: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

B: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.8 kDa, 2 ポリマー
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4

D: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

C: METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.950, 67.130, 67.900
Angle α, β, γ (deg.)	109.31, 105.40, 90.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	METALLO-BETA-LACTAMASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 1 分子量: 27228.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCOLD I / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4D2B0, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 % 解説: SEARCH MODEL GENERATED AS AN ENSEMBLE FROM 12 STRUCTURES PDB CODES 3LVZ, 2ZO4, 3AJ3, 2YZ3, 3VQZ,1P9E, 4AWY, 3ESH, 2Q0I, 4LE6, 4AD9, 2XF4
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH5.5 0.18 M AMMONIUM ACETATE 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.28268
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月26日 / 詳細: COMPOUND REFRACTIVE LENSES
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28268 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→45.96 Å / Num. obs: 90649 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→45.958 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2107	4544	5 %
R_work	0.1823	-	-
obs	0.1837	90641	95.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→45.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6235	0	26	514	6775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.362	8781
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.599	2210
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.8103	0.4206	153	0.3617	2808	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8103-1.8316	0.3799	175	0.3254	2770	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8316-1.854	0.3451	156	0.3044	2789	X-RAY DIFFRACTION	93
1.854-1.8774	0.3256	154	0.2624	2758	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8774-1.9022	0.2294	151	0.211	2821	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9022-1.9282	0.2219	166	0.1788	2788	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9282-1.9558	0.173	134	0.1701	2845	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9558-1.985	0.2333	156	0.1727	2815	X-RAY DIFFRACTION	94
1.985-2.016	0.2083	151	0.1748	2810	X-RAY DIFFRACTION	95
2.016-2.049	0.2044	146	0.1667	2915	X-RAY DIFFRACTION	95
2.049-2.0844	0.1888	152	0.1675	2809	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0844-2.1223	0.2268	141	0.1751	2851	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1223-2.1631	0.2231	126	0.1787	2912	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1631-2.2072	0.2254	152	0.1746	2838	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2072-2.2552	0.2051	141	0.1774	2913	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2552-2.3077	0.1967	149	0.1722	2865	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3077-2.3654	0.218	165	0.1608	2882	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3654-2.4293	0.2059	146	0.1748	2906	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4293-2.5008	0.2253	127	0.1722	2910	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5008-2.5815	0.2129	155	0.1848	2861	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5815-2.6738	0.2233	154	0.1799	2924	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6738-2.7808	0.2028	172	0.1731	2899	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7808-2.9074	0.198	158	0.1822	2917	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9074-3.0606	0.2359	141	0.1858	2952	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0606-3.2523	0.1821	159	0.181	2903	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2523-3.5034	0.1949	157	0.1839	2915	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5034-3.8558	0.1893	156	0.1713	2942	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8558-4.4133	0.1849	135	0.166	2959	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4133-5.5588	0.194	167	0.1639	2908	X-RAY DIFFRACTION	97
5.5588-45.9728	0.2123	149	0.2017	2912	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8572	0.9778	-0.0526	1.2408	-0.7188	2.937	-0.0137	0.3907	0.047	-0.0173	-0.1955	-0.5371	-0.3574	0.7985	0.1496	0.2215	-0.0819	-0.0267	0.3545	0.0193	0.3907	11.9576	72.7227	4.3591
2	0.6563	-1.1181	-0.7191	6.0397	1.0678	1.4176	-0.2741	0.1279	-0.119	0.3823	0.3705	-0.6618	0.4231	0.592	-0.1249	0.1923	0.0665	-0.0025	0.2706	-0.0341	0.3042	11.4862	48.776	-0.3502
3	1.6354	-0.7859	-0.1477	2.1678	0.8014	1.7382	-0.2484	-0.028	0.2942	0.4775	0.2013	-0.0689	-0.0016	0.2092	0.0202	0.1053	-0.0648	-0.0086	0.1512	0.0185	0.1947	3.7566	65.858	4.8374
4	2.8363	-1.1901	0.1186	3.5373	0.2136	1.6738	0.0986	-0.1043	0.5007	-0.0914	0.0499	-0.0423	-0.3062	0.0581	-0.1584	0.1819	-0.0267	0.0272	0.1558	-0.0117	0.2801	-6.2204	74.1145	4.1656
5	1.8484	1.2217	1.0421	5.3154	2.5258	2.397	0.2312	-0.2311	-0.1936	0.6497	-0.2596	0.0075	0.3857	-0.0316	0.0355	0.2369	-0.0265	-0.0242	0.1842	-0.0088	0.2133	2.4408	61.2227	13.7116
6	2.0674	0.0216	0.1762	1.6753	-0.1327	0.9688	0.0476	0.0789	0.1135	-0.1042	-0.0635	0.059	-0.1118	0.0033	0.0108	0.1621	0.0073	0.0043	0.1405	-0.001	0.1859	-8.2927	68.5266	1.4291
7	2.661	0.0726	0.3247	2.2995	-0.4118	2.5856	0.0287	0.4144	0.0911	-0.3454	-0.0587	-0.3365	-0.0281	0.3474	0.0571	0.2157	-0.0051	0.0501	0.2543	0.0482	0.1879	3.9233	68.6044	-7.0452
8	1.6168	-0.3304	0.4407	2.8482	-0.5281	2.9236	0.2226	0.8278	0.1297	-0.6905	-0.258	-0.6162	-0.0918	0.3806	0.0517	0.2934	0.0571	0.1111	0.4119	0.0696	0.2423	7.8762	65.657	-10.9187
9	1.1208	0.6348	-0.2445	1.0646	0.5632	2.9098	-0.0138	0.3156	-0.2265	-0.1256	-0.1839	0.3331	0.1724	-0.6556	0.1544	0.2083	-0.041	0.0274	0.3161	-0.0298	0.2589	34.9844	42.8966	3.6061
10	1.0607	-1.7483	0.983	5.6748	-0.7457	1.1498	-0.0442	0.1565	0.2742	0.0333	0.0101	0.4993	-0.3313	-0.4554	-0.0012	0.2073	0.0622	0.0023	0.2269	0.0182	0.249	35.8159	66.8016	-0.3114
11	1.6829	-0.719	0.4106	2.4147	-0.7851	1.6871	-0.1571	-0.0498	-0.0456	0.2677	0.1246	-0.1132	-0.0039	-0.0974	0.0136	0.124	-0.0302	-0.0022	0.1637	-0.0105	0.1674	43.5561	49.7671	4.9282
12	1.5503	-0.1767	-0.7039	0.6441	0.2437	1.3162	0.0174	-0.0521	-0.0873	0.1812	-0.0158	-0.06	0.0443	0.0227	-0.0059	0.1838	-0.0208	-0.0113	0.1425	0.0066	0.1679	49.3661	47.4524	8.5356
13	2.333	-0.3455	-0.3506	1.4531	0.1586	0.9019	0.073	0.0463	-0.0469	-0.0693	-0.065	-0.066	0.0665	0.0099	-0.0058	0.1528	0.0072	-0.0091	0.1427	0.0008	0.1607	55.5859	47.0622	1.4797
14	2.4905	0.1844	-0.4487	2.1683	0.3921	2.2824	0.0646	0.322	0.1201	-0.254	-0.0299	0.1178	-0.1102	-0.3388	-0.0121	0.196	0.0187	-0.015	0.2317	-0.0145	0.1187	43.4384	48.836	-8.1426
15	1.4763	0.5086	-0.6217	2.1545	-0.5159	1.9673	-0.0342	0.4073	-0.0369	-0.2915	0.0602	0.1569	0.2227	-0.263	-0.0174	0.1856	0.0027	-0.0349	0.2781	-0.0288	0.1451	38.6073	47.7297	-10.2453
16	1.2094	-0.5958	0.2445	0.7032	-0.3817	2.6873	-0.0175	-0.1785	-0.3308	0.1177	-0.2101	-0.2904	0.2542	0.6654	0.1761	0.2262	0.0446	0.0423	0.3036	0.0423	0.2768	43.2405	76.3699	15.6105
17	1.6415	1.1281	0.2598	2.6957	0.3882	1.6293	-0.1144	0.0353	-0.0482	-0.1897	0.074	-0.1916	-0.1789	0.2436	0.0619	0.1018	0.0014	-0.0144	0.1717	0.0135	0.16	38.5626	91.0808	17.2609
18	1.6335	-0.3162	-0.4531	0.5789	0.3894	1.3401	0.0233	0.0319	-0.1358	-0.2377	-0.0565	0.1102	0.1089	0.033	-0.0009	0.1781	0.0268	-0.014	0.1518	-0.0124	0.1798	29.205	80.9742	11.1311
19	2.0996	0.3551	-0.0535	1.614	-0.0475	0.8466	0.0569	-0.0585	-0.093	0.0875	-0.0639	0.0937	0.1307	-0.0272	0.0146	0.1638	-0.0093	-0.0067	0.1391	-0.003	0.1599	23.1346	80.6431	18.2505
20	2.6771	-0.4457	-0.5937	2.2226	-0.1601	2.5812	-0.0247	-0.4051	0.0255	0.3043	0.0373	-0.148	-0.0636	0.2648	0.0091	0.2155	-0.0007	-0.026	0.2225	0.0287	0.1371	35.4988	82.5262	27.9435
21	1.2769	-0.0607	-0.6709	1.9467	0.2396	2.4673	0.0033	-0.4492	-0.1403	0.3746	0.0106	-0.2864	0.2224	0.4235	-0.0179	0.2146	0.0121	-0.0562	0.3074	0.0419	0.193	40.2948	81.1592	29.6768
22	0.9603	-0.7471	-0.1493	0.7902	0.9298	3.2132	0.0153	-0.2194	0.205	0.0219	-0.2387	0.3545	-0.2538	-0.6609	0.1879	0.2185	0.0537	-0.0436	0.2911	-0.032	0.3089	4.1087	39.2379	15.505
23	1.7174	0.6098	-0.2267	2.3318	-0.5961	1.6698	-0.1472	0.083	-0.0186	-0.2821	0.1198	0.2022	0.1612	-0.3203	0.0196	0.0953	0.0105	0.0007	0.1621	-0.0168	0.1429	8.7997	25.2067	16.9707
24	2.3737	0.2377	0.6771	1.9681	0.3183	0.9819	0.0303	0.0036	0.09	0.0181	-0.0464	-0.0645	-0.074	0.0049	0.0141	0.1452	0.0054	0.017	0.1337	0.0082	0.1332	22.0135	34.8192	15.7501
25	2.1989	0.48	0.6034	2.1845	0.3746	2.8334	0.0599	-0.499	0.0608	0.4588	-0.0828	0.2488	-0.0191	-0.4268	0.0222	0.221	0.0029	0.0551	0.2809	-0.0361	0.1413	10.0063	33.7982	28.6559

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 6 THROUGH 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 29 THROUGH 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 41 THROUGH 70 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 71 THROUGH 89 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 90 THROUGH 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 104 THROUGH 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 162 THROUGH 205 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 206 THROUGH 241 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 5 THROUGH 28 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 29 THROUGH 40 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 41 THROUGH 70 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 71 THROUGH 103 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 104 THROUGH 161 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 162 THROUGH 212 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 213 THROUGH 241 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESID 5 THROUGH 28 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESID 29 THROUGH 70 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESID 71 THROUGH 103 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESID 104 THROUGH 161 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESID 162 THROUGH 212 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESID 213 THROUGH 241 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESID 5 THROUGH 28 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESID 29 THROUGH 70 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESID 71 THROUGH 161 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESID 162 THROUGH 242 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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