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- PDB-4uzc: KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, spiral: hexagonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uzc
タイトルKSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, spiral: hexagonal crystal form
要素ORF 73
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN (オリゴマー) / HHV-8 / GAMMAHERPESVIRUS (ガンマヘルペスウイルス亜科) / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE / TUMOR VIRUS (腫瘍ウイルス) / CANCER (悪性腫瘍)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ウイルスのライフサイクル / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Protein LANA1-like, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF 73 / Protein LANA1
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: The 3D Structure of Kaposi Sarcoma Herpesvirus Lana C-Terminal Domain Bound to DNA.
著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Lunsdorf, H. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 73
B: ORF 73
C: ORF 73
D: ORF 73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0414
ポリマ－63,0414
非ポリマー00
水0
1
A: ORF 73

B: ORF 73
C: ORF 73
D: ORF 73

A: ORF 73
B: ORF 73
C: ORF 73
D: ORF 73
x 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)756,49048
ポリマ－756,49048
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/61
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z+1/31
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z+2/31
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+5/61
Buried area134933.4 Å2
ΔGint-928.2 kcal/mol
Surface area281322.6 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.180, 103.180, 228.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6554, 0.7544, 0.03642), (0.75525, 0.65507, 0.02197), (-0.00728, 0.0419, -0.9991)-6.85191, 3.48712, -29.04712
2given(0.31395, 0.94825, 0.04746), (-0.94944, 0.3137, 0.01271), (-0.00284, -0.04905, 0.99879)-0.66243, -7.30179, -8.91289
3given(-0.86992, -0.49185, -0.03646), (-0.49319, 0.86809, 0.05638), (0.00392, 0.06703, -0.99774)-7.86142, -4.1788, -18.95746
詳細THE ASSEMBLY REPRESENTED IN THIS ENTRY HAS IRREGULAR HELICAL SYMMETRY WITH THE FOLLOWING AVERAGE PARAMETERS: ROTATION PER DIMER (TWIST) = -75.00 DEGREES RISE PER DIMER (HEIGHT) = 9.51 ANGSTROMS

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要素

#1: タンパク質
ORF 73 / LATENCY-ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 / KSHV LANA


分子量: 15760.201 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1013-1149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: PET-BASED / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76SB0, UniProt: Q9QR71*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
解説: DATA IN RESOLUTION RANGE 3.93 A - 3.87 A IS EXCLUDED DUE TO THE PRESENCE OF AN ICE RING
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.4 UL OF 31.5 MG/ML PROTEIN IN 5 MM BISTRIS-CL, 5 MM DTT, PH 6.5 WERE AS SUCH EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 170 MM LITHIUM ACETATE AND 18% (W/V) PEG3350 IN A SITTING DROP ...詳細: 0.4 UL OF 31.5 MG/ML PROTEIN IN 5 MM BISTRIS-CL, 5 MM DTT, PH 6.5 WERE AS SUCH EQUILIBRATED AGAINST A RESERVOIR SOLUTION OF 170 MM LITHIUM ACETATE AND 18% (W/V) PEG3350 IN A SITTING DROP SETUP AT 20 DEGREE CENTIGRADE. AFTER TWO DAYS, CRYSTALS WERE DETACHED FROM THE CARRIER PLASTIC BY ADDING 1 UL OF 2 M AMMONIUM FORMATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→89.36 Å / Num. obs: 7874 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 29.7 % / Biso Wilson estimate: 119.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 18.53
反射 シェル解像度: 3.7→3.84 Å / 冗長度: 31.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXPHASER-MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YPY

2ypy


解像度: 3.7→89.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 40.346 / SU ML: 0.553 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.692 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2386 389 4.9 %RANDOM
Rwork0.20078 ---
obs0.20278 7485 95.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 115.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å2-1 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---6.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→89.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4316 0 0 0 4316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0194464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.5081.966056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.49239816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3325532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.523.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49115732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9551528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0215024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.88811.12140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.88511.0982139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.58316.6362668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.58811.9072324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.704→3.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 29 -
Rwork0.32 550 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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