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- PDB-4uqo: RADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqo
タイトルRADA C-TERMINAL ATPASE DOMAIN FROM PYROCOCCUS FURIOSUS BOUND TO ADP
要素DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / RADA (王立演劇学校) / RECOMBINASE / ATPASE (ATPアーゼ) / ADP (アデノシン二リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Marsh, M.E. / Ehebauer, M.T. / Scott, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2016
タイトル: ATP Half-Sites in Rada and Rad51 Recombinases Bind Nucleotides
著者: Marsh, M.E. / Scott, D.E. / Ehebauer, M.T. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年1月14日ID: 4A7O
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
B: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9929
ポリマ－51,0202
非ポリマー9727
水8,935496
1
A: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9854
ポリマ－25,5101
非ポリマー4743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0085
ポリマ－25,5101
非ポリマー4974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.308, 87.130, 62.322
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.00441, -0.000132), (-0.00441, -1, 0.005209), (-0.000109, 0.00521, 1)
ベクター: 20.07, 23.98, -31.19)

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要素

#1: タンパク質 DNA REPAIR AND RECOMBINATION PROTEIN RADA / RADA


分子量: 25510.150 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL ATPASE DOMAIN, RESIDUES 108-349 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (ピュロコックス・フリオスス)
プラスミド: PBAT4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O74036
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.8 / 詳細: 60 MM NAPHOSPHATE PH 5.8, 15% PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9728
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9728 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→43.56 Å / Num. obs: 34773 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.44
反射 シェル解像度: 1.88→1.99 Å / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A6P

4a6p


解像度: 1.88→62.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.529 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A287-A306 AND B286-B304 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 1719 4.9 %RANDOM
Rwork0.17124 ---
obs0.17416 33051 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.423 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.85 Å20 Å2-0.34 Å2
2---2.06 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→62.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 59 496 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193623
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9894906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08738196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1845449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12123.78164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90915652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1711531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8981.9371795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8951.9371794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9932.8882243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6512.3211828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 116 -
Rwork0.298 2307 -
obs--93.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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